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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ynp | ||||||
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タイトル | yeast betaprime COP 1-604 with KTKTN motif | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE TRAFFICKING / COPI-MEDIATED TRAFFICKING / DILYSINE MOTIFS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / intracellular mRNA localization / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin binding / intracellular protein transport ...COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / intracellular mRNA localization / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin binding / intracellular protein transport / ゴルジ体 / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.962 Å | ||||||
データ登録者 | Jackson, L.P. / Lewis, M. / Kent, H.M. / Edeling, M.A. / Evans, P.R. / Duden, R. / Owen, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2012 タイトル: Molecular Basis for Recognition of Dilysine Trafficking Motifs by Copi. 著者: Jackson, L.P. / Lewis, M. / Kent, H.M. / Edeling, M.A. / Evans, P.R. / Duden, R. / Owen, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ynp.cif.gz | 131.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ynp.ent.gz | 102.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ynp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68066.906 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40-REPEAT DOMAIN, RESIDUES 1-604 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IN COMPLEX WITH KXKXX MOTIF 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PMWGST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P41811 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 944.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1M BICINE PH 9.0, 10% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月2日 |
放射 | モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.917 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -K,-H,L / Fraction: 0.4 |
反射 | 解像度: 2.96→63.6 Å / Num. obs: 22113 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 73.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.96→3.04 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 2YNO, 3MKQ 解像度: 2.962→63.625 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.987 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.962→63.625 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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