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- PDB-2yhn: The IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhn
タイトルThe IDOL-UBE2D complex mediates sterol-dependent degradation of the LDL receptor
要素E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MYLIP
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E2 LIGASE- E3 LIGASE COMPLEX / RING ZINC-FINGER / UBE2D1 / UBL CONJUGATION PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / VLDLR internalisation and degradation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process ...regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / VLDLR internalisation and degradation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of neuron projection development / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / 細胞骨格 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MYLIP, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily ...MYLIP, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / FERM central domain / Herpes Virus-1 / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase MYLIP
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fairall, L. / Goult, B.T. / Millard, C.J. / Tontonoz, P. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: The Idol-Ube2D Complex Mediates Sterol-Dependent Degradation of the Ldl Receptor.
著者: Zhang, L. / Fairall, L. / Goult, B.T. / Calkin, A.C. / Hong, C. / Millard, C.J. / Tontonoz, P. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2011年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MYLIP
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MYLIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9846
ポリマ－17,7232
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area7500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.260, 22.770, 87.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE MYLIP / INDUCIBLE DEGRADER OF THE LDL-RECEPTOR / IDOL / MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN INTERACTING PROTEIN / MIR


分子量: 8861.413 Da / 分子数: 2 / 断片: RING, RESIDUES 369-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q8WY64, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 7-8, 16-20% MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39.19 Å / Num. obs: 2928 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EB5

3eb5


解像度: 3→35.37 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 130 4.4 %
Rwork0.228 --
obs0.232 2928 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.69 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9771 Å20 Å23.548 Å2
2--2.4133 Å20 Å2
3----1.4361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数876 0 4 0 880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8421244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.531290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053151
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003161
LS精密化 シェル解像度: 3.0002→35.3703 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 130 -
Rwork0.2284 2798 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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