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万見
- PDB-2yen: Solution structure of the skeletal muscle and neuronal voltage ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yen
タイトルSolution structure of the skeletal muscle and neuronal voltage gated sodium channel antagonist mu-conotoxin CnIIIC
要素Mu-conotoxin CnIIIC
キーワードTOXIN (毒素) / CONOTOXIN (コノトキシン) / NEUROTOXIN (神経毒) / AMIDATED C-TERMINUS
機能・相同性Conotoxin, mu-type / Mu-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / sodium channel inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region / Mu-conotoxin CnIIIC
機能・相同性情報
生物種Conus consors (フクスケヤキイモ)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Favreau, P. / Benoit, E. / Hocking, H.G. / Carlier, L. / D'hoedt, D. / Leipold, E. / Markgraf, R. / Schlumberger, S. / Cordova, M.A. / Gaertner, H. ...Favreau, P. / Benoit, E. / Hocking, H.G. / Carlier, L. / D'hoedt, D. / Leipold, E. / Markgraf, R. / Schlumberger, S. / Cordova, M.A. / Gaertner, H. / Paolini-Bertrand, M. / Hartley, O. / Tytgat, J. / Heinemann, S.H. / Bertrand, D. / Boelens, R. / Stocklin, R. / Molgo, J.
引用ジャーナル: Br.J.Pharmacol. / 年: 2012
タイトル: A Novel Mu-Conopeptide, Cniiic, Exerts Potent and Preferential Inhibition of Na(V) 1.2/1.4 Channels and Blocks Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptors.
著者: Favreau, P. / Benoit, E. / Hocking, H.G. / Carlier, L. / D'Hoedt, D. / Leipold, E. / Markgraf, R. / Schlumberger, S. / Cordova, M.A. / Gaertner, H. / Paolini-Bertrand, M. / Hartley, O. / ...著者: Favreau, P. / Benoit, E. / Hocking, H.G. / Carlier, L. / D'Hoedt, D. / Leipold, E. / Markgraf, R. / Schlumberger, S. / Cordova, M.A. / Gaertner, H. / Paolini-Bertrand, M. / Hartley, O. / Tytgat, J. / Heinemann, S.H. / Bertrand, D. / Boelens, R. / Stocklin, R. / Molgo, J.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Other
改定 2.02019年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02020年3月11日Group: Data collection / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_cs ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 3.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-conotoxin CnIIIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,3861
ポリマ－2,3861
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #11

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mu-conotoxin CnIIIC


分子量: 2385.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VENOM / 由来: (合成) Conus consors (フクスケヤキイモ) / 参照: UniProt: I1SB07
非ポリマーの詳細AMINO GROUP (NH2): C-TERMINAL AMIDATION AND BIOPOLYMER CHAIN TERMINATION VARIANTS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131E-COSY
141TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM 2D PROTON EXPERIMENTS ON AN NATURAL ABUNDANCE SAMPLE OF CNIIIC

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試料調製

詳細内容: 95% H2O/5% D2O
試料状態pH: 4.0 / 温度: 278.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
CYANA構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: WATER REFINEMENT USING SCRIPTS FROM THE RECOORD STRUCTURE DETERMINATION AND WATER REFINEMENT PROTOCOL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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