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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y28 | ||||||
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タイトル | crystal structure of Se-Met AmpD derivative | ||||||
要素 | 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PEPTIDOGLYCAN AMIDASE / AMIDASE_2 FAMILY / ACTIVATION MECHANISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Silva-Martin, N. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Crystal Structures of Bacterial Peptidoglycan Amidase Ampd and an Unprecedented Activation Mechanism. 著者: Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Ferrer, P. / Silva-Martin, N. / Castro, G.R. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y28.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y28.ent.gz | 104.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21012.045 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SE-MET DERIVATIVE 由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P82974, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 6.0, 0.1 M LI2SO4, 28% PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856, 0.978910, 0.918400 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→58.62 Å / Num. obs: 42178 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.8→58.624 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.206 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→58.624 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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