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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xu7 | ||||||
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タイトル | Structural basis for RbAp48 binding to FOG-1 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CHROMATIN REMODELLING (クロマチンリモデリング) / HISTONE CHAPERONE / COREPRESSOR (コリプレッサー) / GATA1-MEDIATED REPRESSION / NURD COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T-helper cell lineage commitment / tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / : / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / negative regulation of interleukin-4 production ...T-helper cell lineage commitment / tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / : / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / negative regulation of interleukin-4 production / megakaryocyte differentiation / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / CAF-1 complex / granulocyte differentiation / chromatin => GO:0000785 / regulation of megakaryocyte differentiation / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of stem cell population maintenance / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / ESC/E(Z) complex / cardiac muscle tissue morphogenesis / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / embryonic hemopoiesis / atrioventricular valve morphogenesis / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of fat cell differentiation / ATPase complex / G1/S-Specific Transcription / Sin3-type complex / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of stem cell population maintenance / outflow tract morphogenesis / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / transcription factor binding / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription repressor complex / 赤血球形成 / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / negative regulation of protein binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / histone deacetylase binding / 凝固・線溶系 / positive regulation of type II interferon production / heart development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / DNA複製 / chromosome, telomeric region / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lejon, S. / Thong, S.Y. / Murthy, A. / Blobel, G.A. / Mackay, J.P. / Murzina, N.V. / Laue, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Insights Into Association of the Nurd Complex with Fog-1 from the Crystal Structure of an Rbap48-Fog- 1 Complex. 著者: Lejon, S. / Thong, S.Y. / Murthy, A. / Alqarni, S. / Murzina, N.V. / Blobel, G.A. / Laue, E.D. / Mackay, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xu7.cif.gz | 304.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xu7.ent.gz | 248.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xu7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3gfcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9374, -0.06043, 0.5353), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47709.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q09028 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1878.212 Da / 分子数: 2 / Fragment: RBAP48-BINDING FRAGMENT, RESIDUES 1-15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IX07 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA-MALONATE PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→75.59 Å / Num. obs: 70736 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GFC 解像度: 1.9→100.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.252 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.513 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→100.5 Å
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拘束条件 |
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