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- PDB-2xu7: Structural basis for RbAp48 binding to FOG-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xu7
タイトルStructural basis for RbAp48 binding to FOG-1
要素
  • HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4
  • ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CHROMATIN REMODELLING (クロマチンリモデリング) / HISTONE CHAPERONE / COREPRESSOR (コリプレッサー) / GATA1-MEDIATED REPRESSION / NURD COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper cell lineage commitment / tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / : / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / negative regulation of interleukin-4 production ...T-helper cell lineage commitment / tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / : / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / negative regulation of interleukin-4 production / megakaryocyte differentiation / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / CAF-1 complex / granulocyte differentiation / chromatin => GO:0000785 / regulation of megakaryocyte differentiation / NURF complex / NuRD complex / regulation of cell fate specification / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of stem cell population maintenance / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / ESC/E(Z) complex / cardiac muscle tissue morphogenesis / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / embryonic hemopoiesis / atrioventricular valve morphogenesis / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of fat cell differentiation / ATPase complex / G1/S-Specific Transcription / Sin3-type complex / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of stem cell population maintenance / outflow tract morphogenesis / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / transcription factor binding / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription repressor complex / 赤血球形成 / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / negative regulation of protein binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / histone deacetylase binding / 凝固・線溶系 / positive regulation of type II interferon production / heart development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / DNA複製 / chromosome, telomeric region / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C2H2 type / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / 7 Propeller ...Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / Zinc finger, C2H2 type / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / Zinc finger protein ZFPM1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lejon, S. / Thong, S.Y. / Murthy, A. / Blobel, G.A. / Mackay, J.P. / Murzina, N.V. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2011
タイトル: Insights Into Association of the Nurd Complex with Fog-1 from the Crystal Structure of an Rbap48-Fog- 1 Complex.
著者: Lejon, S. / Thong, S.Y. / Murthy, A. / Alqarni, S. / Murzina, N.V. / Blobel, G.A. / Laue, E.D. / Mackay, J.P.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4
B: HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4
C: ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1
D: ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5646
ポリマ-99,1754
非ポリマー3882
4,053225
1
A: HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4
D: ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7823
ポリマ-49,5882
非ポリマー1941
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint0.3 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
2
B: HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4
C: ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7823
ポリマ-49,5882
非ポリマー1941
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint0.8 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.745, 59.843, 100.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9374, -0.06043, 0.5353), (-0.07038, 0.996, 0.1227), (-0.3061, 0.02451, -0.8878)
ベクター: -0.4781, -0.4467, -0.5079)

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要素

#1: タンパク質 HISTONE-BINDING PROTEIN RBBP4 / CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 SUBUNIT C / CAF-1 SUBUNIT C / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR SUBUNIT ...CHROMATIN ASSEMBLY FACTOR 1 SUBUNIT C / CAF-1 SUBUNIT C / NUCLEOSOME-REMODELING FACTOR SUBUNIT RBAP48 / CAF-I 48 KDA SUBUNIT / CAF-I P48 / RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN 4 / RBBP-4 / RETINOBLASTOMA-BINDING PROTEIN P48


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質・ペプチド ZINC FINGER PROTEIN ZFPM1 / / FRIEND OF GATA PROTEIN 1 / FOG-1 / FRIEND OF GATA 1 / ZINC FINGER PROTEIN MULTITYPE 1


分子量: 1878.212 Da / 分子数: 2 / Fragment: RBAP48-BINDING FRAGMENT, RESIDUES 1-15 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IX07
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA-MALONATE PH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→75.59 Å / Num. obs: 70736 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GFC
解像度: 1.9→100.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.252 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22496 3576 5.1 %RANDOM
Rwork0.18315 ---
obs0.18527 67143 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å2-1.25 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→100.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5922 0 25 225 6172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0216104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.9288314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1835743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06824.821280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83715972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9031523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.53761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61226100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7932343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9774.52214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 280 -
Rwork0.254 4936 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.52411.43381.01621.74930.61531.86610.1176-0.3208-0.00640.3405-0.17820.2820.2103-0.43360.06060.1971-0.07640.04360.1165-0.00690.1334-43.057-9.5-22.723
21.619-0.0897-0.15942.20931.00131.67610.0892-0.2193-0.01280.3957-0.0408-0.00230.11280.0035-0.04850.1899-0.0273-0.05860.03480.02030.1052-23.708-7.235-22.813
32.6364-0.52571.60842.5444-0.39692.65040.06460.1697-0.1070.04180.0425-0.15850.15560.2598-0.10710.09540.0137-0.04740.0286-0.01380.0822-19.282-8.657-40.752
41.5736-0.9174-0.2494.29391.04571.29180.05230.14640.045-0.0981-0.07320.0605-0.0165-0.12720.02090.0968-0.0022-0.04190.0250.00650.0528-36.386-8.36-47.61
51.92461.01580.51783.6562.00843.4820.0677-0.016-0.0194-0.1941-0.11810.38920.0063-0.22870.05040.1379-0.0198-0.01880.0188-0.00840.096-44.91-12.677-41.129
617.69619.3994-2.55855.6264-4.473316.3310.0639-0.46170.00830.04760.15550.15440.3354-2.6078-0.21940.3518-0.21110.12150.75-0.29050.7277-57.71-12.301-50.594
72.49050.43130.82452.28351.52252.82140.0992-0.23670.10030.0973-0.1350.16740.0871-0.21290.03580.0985-0.0379-0.00220.0372-0.00250.0905-44.986-10.1-32.495
89.43554.6324.109513.03697.18111.70170.0460.0043-0.4009-0.079-0.17260.24340.3978-0.48430.12670.0785-0.04320.04490.07530.01990.138-50.902-17.069-31.991
93.53211.3159-0.680912.73060.22963.3895-0.11080.15740.3055-0.58820.0652-0.6411-0.24340.34770.04550.1659-0.00220.09910.1864-0.01320.253111.30824.761-28.456
101.7282-0.5198-0.02724.56141.02750.3382-0.10240.249-0.0473-0.30740.08080.0446-0.02210.05740.02160.2271-0.0165-0.06170.04920.00660.0702-10.11917.201-28.517
112.83280.0747-0.50344.72840.26711.4712-0.11650.2705-0.052-0.72190.0255-0.14350.1269-0.0770.0910.3308-0.0212-0.06980.0275-0.00090.0896-13.84815.233-25.533
123.48312.5991.4025.93091.49148.1968-0.30270.22360.4855-0.5360.22750.4189-0.4702-0.57730.07520.2062-0.0022-0.11040.07650.03740.1771-25.11820.263-21.921
133.15071.67130.86242.75460.47661.27210.1148-0.34510.1580.3836-0.17360.19850.0632-0.22670.05880.2153-0.011-0.02620.0559-0.02650.0772-16.13718.905-2.975
141.20051.6223-0.47516.7824-2.18553.45480.058-0.1073-0.03960.3819-0.0413-0.238-0.09170.0992-0.01670.17260.0172-0.11740.0164-0.01340.11331.52317.316-3.595
151.88170.35230.63383.97-0.69082.60990.01480.0897-0.08270.0535-0.0477-0.44730.06790.24350.03290.13420.0185-0.0340.0244-0.00080.14014.19217.14-17.318
1611.3525-3.18342.370910.5217-3.11167.02090.1671-0.203-0.622-0.3513-0.0515-0.52210.63070.533-0.11560.22030.01160.06220.0655-0.02030.18238.31311.568-23.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4A268 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5A326 - 350
6X-RAY DIFFRACTION6A351 - 362
7X-RAY DIFFRACTION7A363 - 398
8X-RAY DIFFRACTION8A399 - 410
9X-RAY DIFFRACTION9B12 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10B37 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11B81 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12B139 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13B175 - 279
14X-RAY DIFFRACTION14B280 - 325
15X-RAY DIFFRACTION15B326 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16B399 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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