PDB-2x7h: Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x7h

タイトル

Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex with fenoprofen

要素

ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 13-prostaglandin reductase activity /

15-oxoprostaglandin 13-oxidase activity / negative regulation of fat cell differentiation /

ペルオキシソーム / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Shafqat, N. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Niesen, F. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Smee, C. / Arrowsmith, C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Mgc45594 Gene Product in Complex with Fenoprofen
著者: Shafqat, N. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Niesen, F. / Vollmar, M. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.

履歴

登録	2010年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月5日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x7h.cif.gz	277.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x7h.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/2x7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wekS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x1h-2 1e7r-d 2c0c-2 2x1h-1 4ej0-3 3vyw-4 1e6u-d 1wme-d 1xal-1 2wek-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.600, 52.050, 75.730
Angle α, β, γ (deg.)	94.28, 91.29, 102.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	22 - 267
2	1	1	2	B	22 - 267
1	2	1	2	A	281 - 362
2	2	1	2	B	281 - 362

#1: タンパク質	ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / MGC45594 GENE PRODUCT 分子量: 39475.199 Da / 分子数: 2 / 断片: DEHYDROGENASE REDUCTASE DOMAIN, RESIDUES 25-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8N4Q0, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-PFN / FENOPROFEN / (2R)-2-(3-PHENOXYPHENYL)PROPANOIC ACID / (R)-フェノプロフェン / フェノプロフェン分子量: 242.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₃ / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.5M NA MALONATE PH7.0, 0.25W/V JEFFAMINE ED 2001_PH7.0, 8PH HEPES.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9809
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→31.52 Å / Num. obs: 84512 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WEK

2wek

解像度: 1.6→75.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.971 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	1861	2.2 %	RANDOM
R_work	0.16773	-	-	-
obs	0.16831	82638	92.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	-0.09 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.83 Å²	0.05 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→75.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5075	0	236	413	5724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5523
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	2.041	7495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.039	3.004	8950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.849	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.877	24.033	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.346	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.19	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.44	3	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.321	3	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.511	5	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.295	8	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.111	11	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1869	tight positional	0.06	0.05
2	B	1869	tight positional	0.06	0.05
1	A	2068	medium positional	0.06	0.5
2	B	2068	medium positional	0.06	0.5
1	A	1869	tight thermal	0.18	0.5
2	B	1869	tight thermal	0.18	0.5
1	A	2068	medium thermal	0.14	2
2	B	2068	medium thermal	0.14	2

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	138	-
R_work	0.294	5880	-
obs	-	-	88.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6213	1.8811	-0.1628	1.8274	-0.1475	0.9635	-0.1578	0.6453	0.4094	-0.2127	0.1917	0.0665	-0.137	-0.0977	-0.0339	0.1006	-0.0492	-0.0152	0.2493	0.0824	0.098	-19.008	9.474	-13.466
2	2.5753	0.9494	0.2899	1.2074	-0.1844	0.5388	-0.0589	0.0265	0.3126	-0.0403	0.0007	0.0036	-0.1643	0.0123	0.0581	0.0807	-0.0452	0.0036	0.1439	0.0102	0.0844	-10.275	9.344	-2.692
3	0.6139	0.145	-0.0237	0.6466	-0.283	0.7685	0.0101	-0.016	-0.0612	0.0128	0.0074	-0.0134	0.0491	-0.0156	-0.0174	0.0161	-0.0338	0.0037	0.1055	-0.0004	0.0404	-18.528	-10.524	8.992
4	3.2107	-1.089	-0.592	2.7238	0.3855	0.6679	0.0297	-0.0498	0.0441	-0.0786	0.0095	-0.4457	0.0378	0.2106	-0.0392	0.0383	-0.0334	0.0183	0.1858	-0.0009	0.1139	-0.664	-5.515	9.616
5	2.0094	0.3732	0.4601	1.2015	-0.3524	1.6886	-0.0069	0.2432	-0.0848	-0.2483	0.0313	-0.021	0.1662	-0.0259	-0.0244	0.0791	-0.0411	0.026	0.1641	-0.0323	0.0412	-13.492	-7.655	-10.042
6	1.6702	-0.4393	1.1773	1.52	-0.8404	6.4672	0.0273	-0.296	-0.2486	0.2593	0.0929	0.2167	0.5502	-0.6039	-0.1203	0.215	-0.119	0.043	0.2387	0.0438	0.1703	-5.454	-23.533	45.668
7	1.8271	0.3633	0.3552	1.108	0.1379	4.1808	0.0627	-0.1888	-0.4199	0.1962	-0.0347	-0.0534	0.688	0.2518	-0.028	0.1774	0.0057	0.0095	0.1863	0.0531	0.139	6.209	-21.536	46.061
8	0.9519	0.269	-0.4519	0.5217	-0.1428	1.9625	0.022	-0.0863	0.0382	0.0545	-0.0214	-0.02	-0.1095	0.1082	-0.0007	0.0258	-0.0347	0.0066	0.1162	0.0011	0.0532	11.18	-1.967	34.315
9	0.8773	1.3344	0.5848	3.98	2.5045	6.4328	0.1271	-0.2646	0.0995	0.6254	-0.2036	-0.0557	-0.068	0.311	0.0766	0.182	-0.0796	-0.0448	0.4109	0.0245	0.1065	19.535	-4.175	49.997
10	2.0568	0.4063	0.037	1.5714	-0.3492	2.3979	0.0289	-0.1598	0.1006	0.1809	-0.014	0.2317	-0.0634	-0.2487	-0.0149	0.0753	-0.0044	0.0633	0.1872	0.0018	0.0784	-3.8	-5.667	46.028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	113 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	304 - 318
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	319 - 361
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	22 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	50 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	107 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	304 - 318
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	319 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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