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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wwg | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum thymidylate kinase in complex with dGMP and ADP | ||||||
要素 | THYMIDILATE KINASE, PUTATIVE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / MALARIA (マラリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T2-induced deoxynucleotide kinase activity / guanylate kinase / dUDP biosynthetic process / guanylate kinase activity / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process ...T2-induced deoxynucleotide kinase activity / guanylate kinase / dUDP biosynthetic process / guanylate kinase activity / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Whittingham, J.L. / Carrero-Lerida, J. / Brannigan, J.A. / Ruiz-Perez, L.M. / Silva, A.P. / Fogg, M.J. / Wilkinson, A.J. / Gilbert, I.H. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010 タイトル: Structural Basis for the Efficient Phosphorylation of Aztmp and Dgmp by Plasmodium Falciparum Type I Thymidylate Kinase. 著者: Whittingham, J.L. / Carrero-Lerida, J. / Brannigan, J.A. / Ruiz-Perez, L.M. / Silva, A.P. / Fogg, M.J. / Wilkinson, A.J. / Gilbert, I.H. / Wilson, K.S. / Gonzalez-Pacanowska, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wwg.cif.gz | 155 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wwg.ent.gz | 120.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 24950.326 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I4S1, dTMP kinase |
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-非ポリマー , 5種, 207分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 % / 解説: STRUCTURE OF TMP-ADP COMPLEX USED AS STARTING MODEL |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 4 MM HEPES PH 7.5, 1.32 M TRI- SODIUM CITRATE, 80 MM NACL, 3 % XYLITOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33557 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WWF 解像度: 2.4→95.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.098 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.421 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→95.9 Å
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拘束条件 |
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