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- PDB-2wug: Crystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wug
タイトルCrystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tuberculosis in complex with HOPDA
要素2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


4,9-DSHA hydrolase activity / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / biological process involved in interaction with host / steroid biosynthetic process / : / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3E)-2,6-DIOXO-6-PHENYLHEX-3-ENOATE / THIOCYANATE ION / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R.L. / Sim, E. / Eltis, L.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Characterization of a C-C Hydrolase from Mycobacterium Tuberuclosis Involved in Cholesterol Metabolism.
著者: Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R.L. / Sim, E. / Eltis, L.D.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3836
ポリマ－63,7992
非ポリマー5854
水4,954275
1
A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1753
ポリマ－31,8991
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2093
ポリマ－31,8991
非ポリマー3092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.883, 117.971, 180.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.025482, 0.999643, -0.007984), (0.999668, -0.025512, -0.003644), (-0.003847, -0.007889, -0.999961)
ベクター: 30.8648, -30.864, 44.8384)

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要素

#1: タンパク質 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD / HSAD / 2-HYDROXY-6-PHENYLHEXA-2\ / 4-DIENOIC ACID HYDROLASE


分子量: 31899.389 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA]
参照: UniProt: P96851, UniProt: P9WNH5*PLUS, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-HPK / (3E)-2,6-DIOXO-6-PHENYLHEX-3-ENOATE


分子量: 217.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9O4
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 114 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 114 TO ALA
配列の詳細S114A MUTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 200MM KSCN, 24% PEG 3350, 100MM BIS-TRIS PROPANE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月11日 / 詳細: RH COATED MERIDIONALLY FOCUSSING MIRROR
放射モノクロメーター: FIXED-EXIT LN2 COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.49 Å / Num. obs: 55165 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WUD

2wud


解像度: 1.8→29.49 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.167 2730 5 %
Rwork0.192 --
obs-54360 95.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.68 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 0 41 275 4694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.42
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7823-1.81470.2242980.19771828X-RAY DIFFRACTION65
1.8147-1.84960.24621460.18642651X-RAY DIFFRACTION94
1.8496-1.88730.20261320.17662681X-RAY DIFFRACTION95
1.8873-1.92830.22651420.17422694X-RAY DIFFRACTION95
1.9283-1.97320.19661690.17122644X-RAY DIFFRACTION95
1.9732-2.02250.20281560.15772721X-RAY DIFFRACTION97
2.0225-2.07720.18191280.16432762X-RAY DIFFRACTION97
2.0772-2.13830.17821500.16042764X-RAY DIFFRACTION97
2.1383-2.20730.20011380.15942732X-RAY DIFFRACTION97
2.2073-2.28610.19261370.15352756X-RAY DIFFRACTION97
2.2861-2.37760.1581190.15422777X-RAY DIFFRACTION97
2.3776-2.48570.19191540.15082772X-RAY DIFFRACTION98
2.4857-2.61670.22031510.16392796X-RAY DIFFRACTION98
2.6167-2.78050.19631360.17572776X-RAY DIFFRACTION98
2.7805-2.9950.20511590.17592810X-RAY DIFFRACTION99
2.995-3.2960.21161470.17552833X-RAY DIFFRACTION99
3.296-3.77190.18111570.15522814X-RAY DIFFRACTION99
3.7719-4.74850.15351500.1452863X-RAY DIFFRACTION99
4.7485-28.04310.18991610.17942956X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4296-0.0502-0.08140.316-0.09430.19280.0444-0.03560.00030.0620.00340.0348-13.7086-16.514529.2109
20.3093-0.3139-0.16150.34260.03910.49870.0838-0.0488-0.03190.05810.00920.090713.3215-44.737115.9484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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