PDB-2vzk: Structure of the acyl-enzyme complex of an N-terminal nucleophile...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vzk

タイトル

Structure of the acyl-enzyme complex of an N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase, OAT2

要素

(GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ...) x 2
GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ACYL ENZYME / NTN HYDROLASE /

ACYLTRANSFERASE (アシルトランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate N-acetyltransferase /

glutamate N-acetyltransferase activity /

acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / methione N-acyltransferase activity /

amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / arginine biosynthetic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Anatomy of a Simple Acyl Intermediate in Enzyme Catalysis: Combined Biophysical and Modeling Studies on Ornithine Acetyl Transferase.
著者: Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Bagonis, M. / Kershaw, N.J. / Domene, C. / Claridge, T.D. / Wharton, C.W. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2008年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_poly ...database_PDB_caveat / entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.1	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vzk.cif.gz	552 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vzk.ent.gz	459.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vz6S 1vz7 1vz8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tze-2 3axs-d 3coi-d 3u7r-d 5tzj-2 2f8h-d 1sby-d 4qqk-d 4a4m-d 3doi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

B: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

C: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

D: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

E: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

F: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

G: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

H: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

ヘテロ分子

164 kDa, 8 ポリマー
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1

A: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

B: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

D: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
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3

E: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

F: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
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4

G: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN

H: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.273, 73.878, 172.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	8 - 180
2	1	1	1	C	8 - 180
3	1	1	1	E	8 - 180
4	1	1	1	G	8 - 180
1	1	2	1	B	181 - 336
2	1	2	1	D	181 - 336
3	1	2	1	F	181 - 336
4	1	2	1	H	181 - 336
1	2	2	1	B	344 - 390
2	2	2	1	D	344 - 390
3	2	2	1	F	344 - 390
4	2	2	1	H	344 - 390

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.999765, -0.020054, -0.008257), (0.020961, 0.991215, 0.13059), (0.005566, -0.130732, 0.991402)	-3.872, -26.504, -5.255
2	given	(0.780333, -0.027043, -0.624779), (-0.038419, -0.999251, -0.004732), (-0.624183, 0.027696, -0.780788)	-19.69, 31.746, -67.599
3	given	(0.764591, -0.019528, -0.64422), (-0.088313, -0.993288, -0.074704), (-0.638437, 0.114011, -0.761183)	-23.65, -4.182, -74.933
4	given	(0.99997, 0.007643, -0.000806), (-0.007489, 0.992572, 0.121428), (0.001728, -0.121419, 0.9926)	-4.371, -26.795, -5.511
5	given	(0.792767, -0.001959, -0.609521), (-0.021425, -0.999466, -0.024653), (-0.609148, 0.032603, -0.792386)	-20.499, 31.237, -68.09
6	given	(0.785642, 0.000687, -0.618682), (-0.072405, -0.993026, -0.093047), (-0.614431, 0.117897, -0.780112)	-23.379, -4.809, -75.755

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG

#1: タンパク質	GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2 分子量: 18089.531 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 8-180 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase

#1: タンパク質

GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2

分子量: 18089.531 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 8-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS,

glutamate N-acetyltransferase

-
GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ... , 2種, 4分子 BDFH

#2: タンパク質	GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2 分子量: 22834.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase
#3: タンパク質	GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2 分子量: 22876.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACETYLISATION OF THR 181 IN CHAINS D, F, AND H 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase

#2: タンパク質

GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2

分子量: 22834.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS,

glutamate N-acetyltransferase

#3: タンパク質

GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / OAT2

分子量: 22876.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACETYLISATION OF THR 181 IN CHAINS D, F, AND H
由来: (組換発現)

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS,

glutamate N-acetyltransferase

-
非ポリマー , 3種, 296分子

#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 290 K / pH: 7.5 詳細: 1.4M AMMONIUM SULPHATE, 100MM N-ACETYL-L-GLUTAMATE, 200MM NACL, 100MM TRIS HCL PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月29日 / 詳細: MONTEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→37 Å / Num. obs: 62183 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.33→2.45 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VZ6, CHAIN A

1vz6

解像度: 2.33→171.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 19.81 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED FROM TLS MODEL BY TLSANL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28432	3048	4.9 %	RANDOM
R_work	0.25386	-	-	-
obs	0.25538	58750	93.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	0 Å²	-1.98 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→171.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11211	0	24	292	11527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	11380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.967	15443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	3	18279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.785	5	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.576	23.478	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.326	15	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.531	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	7955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	5611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.302	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.768	1.5	9491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.916	2	11904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.811	3	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.909	4.5	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2141	tight positional	0.05	0.05
1	2	C	2141	tight positional	0.06	0.05
1	3	E	2141	tight positional	0.05	0.05
1	4	G	2141	tight positional	0.05	0.05
2	1	B	2421	tight positional	0.05	0.05
2	2	D	2421	tight positional	0.06	0.05
2	3	F	2421	tight positional	0.06	0.05
2	4	H	2421	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	2141	tight thermal	0.14	0.5
1	2	C	2141	tight thermal	0.14	0.5
1	3	E	2141	tight thermal	0.13	0.5
1	4	G	2141	tight thermal	0.13	0.5
2	1	B	2421	tight thermal	0.14	0.5
2	2	D	2421	tight thermal	0.15	0.5
2	3	F	2421	tight thermal	0.14	0.5
2	4	H	2421	tight thermal	0.13	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.406	239
R_work	0.337	4521

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4542	0.0948	0.1572	1.1536	-0.1957	1.4202	0.0015	-0.045	-0.0533	0.0991	-0.013	-0.0802	0.0664	0.0802	0.0115	0.0456	0.0084	-0.0057	0.0887	0.0085	0.1088	19.0162	3.7028	-65.1719
2	0.4846	-0.0133	-0.4212	1.0837	-0.2843	1.426	0.0244	-0.2214	0.0906	0.1715	0.0253	0.0435	-0.0329	-0.0948	-0.0497	0.0623	0.0154	-0.0096	0.1398	-0.0239	0.0867	5.2055	8.9767	-63.8503
3	0.2759	0.0661	0.2828	0.5116	0.0108	0.7427	0.0488	-0.1085	-0.0926	0.0832	-0.002	0.0236	0.1018	-0.0671	-0.0468	0.0763	-0.0013	0.001	0.1306	0.0048	0.097	-1.8682	-0.8971	-69.5923
4	1.7707	0.1569	0.002	0.0809	-0.1854	0.5137	-0.0003	-0.0302	0.1226	-0.0521	-0.0176	0.0386	-0.0634	-0.1162	0.0178	0.0442	0.0131	0.0043	0.1074	-0.0062	0.113	-12.1339	6.0437	-89.597
5	0.3747	-0.1097	-0.0501	0.9949	-0.2204	1.6967	-0.0207	-0.0657	0.0072	0.1327	-0.0439	-0.0938	-0.0584	0.1318	0.0647	0.0722	-0.0126	-0.0119	0.1019	0.0035	0.0988	23.1708	37.3732	-55.6437
6	0.6813	0.3065	-0.335	0.3037	0.5175	2.8568	0.0497	-0.1789	0.1263	0.1164	-0.0283	0.0798	0.0013	-0.0637	-0.0215	0.0936	0.0055	-0.0138	0.0934	-0.0256	0.0886	9.5961	42.5922	-53.5583
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8	1.7219	-0.2496	0.084	0.7912	-0.4145	0.8711	0.0334	0.02	0.0724	0.0634	0.028	0.0257	-0.0177	-0.1205	-0.0614	0.063	-0.0009	0.0084	0.0978	0.0153	0.1069	-8.9217	42.2359	-79.6571
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10	0.4216	0.0577	0.3678	0.4891	-0.0661	0.4672	0.0989	0.0246	-0.0338	-0.0678	-0.0763	0.1993	0.1624	-0.237	-0.0226	0.158	-0.0154	-0.027	0.1052	-0.0033	0.0951	18.8056	21.996	-19.6283
11	0.5525	0.2093	0.3184	0.0844	0.2103	1.7502	0.0091	0.0085	0.0508	-0.0366	-0.0464	0.074	-0.0575	-0.2271	0.0373	0.1486	-0.0089	-0.0194	0.0922	0.0056	0.1037	16.1589	32.1179	-9.5238
12	0.892	-0.4202	-0.3523	0.9541	0.4558	1.4861	-0.0261	-0.03	-0.076	0.1174	-0.0202	0.12	0.2357	-0.216	0.0463	0.1702	-0.0346	-0.0037	0.0821	0.0012	0.1556	21.0525	25.1631	10.614
13	1.3048	0.1566	0.6601	1.1848	-0.0061	1.4255	0.0307	0.1354	-0.055	-0.1432	0.021	-0.0965	0.0635	0.1127	-0.0517	0.1898	0.0091	-0.0285	0.0885	0.0011	0.0894	25.6608	-7.2137	-34.9708
14	0.9204	0.1102	0.718	0.219	-0.2652	1.1591	-0.0328	-0.0402	-0.0916	-0.147	-0.0048	-0.0112	0.1665	-0.2071	0.0377	0.225	-0.0293	-0.0515	0.0576	-0.0141	0.1202	15.0879	-12.6279	-29.9882
15	0.6034	0.2062	0.4635	0.1111	0.4227	2.0744	0.0095	-0.0038	0.0371	-0.0128	-0.0028	0.0571	-0.0964	-0.2474	-0.0067	0.1461	-0.0084	-0.0215	0.0937	0.0302	0.1139	12.6459	-3.0196	-18.5571
16	1.0849	-0.5182	-0.1033	2.2728	0.3083	1.3775	0.009	-0.1437	-0.1581	0.0921	0.0514	0.3054	0.2215	-0.2435	-0.0604	0.1505	-0.0247	-0.0178	0.1274	0.0244	0.1413	16.9312	-11.2499	1.471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	131 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	181 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	285 - 393
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	8 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	131 - 180
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	182 - 282
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	283 - 390
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	8 - 127
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	128 - 180
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	182 - 283
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	284 - 392
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	8 - 125
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	126 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	182 - 283
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	284 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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