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- PDB-2vi6: Crystal Structure of the Nanog Homeodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vi6
タイトルCrystal Structure of the Nanog Homeodomain
要素HOMEOBOX PROTEIN NANOGホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / DEVELOPMENTAL PROTEIN (ヒトの発達) / TRANSCRIPTION REGULATION / NANOG / NUCLEUS (細胞核) / HOMEOBOX (ホメオボックス) / ACTIVATOR / REPRESSOR (リプレッサー)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to rapamycin / multidimensional cell growth / cellular response to erythropoietin / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division ...negative regulation of endodermal cell fate specification / negative regulation of cell fate commitment / RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / mesodermal cell fate commitment / cellular response to rapamycin / multidimensional cell growth / cellular response to erythropoietin / cell dedifferentiation / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / gonad development / 再生 (生物学) / stem cell division / embryonic pattern specification / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell proliferation / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / transcription factor binding / negative regulation of BMP signaling pathway / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to retinoic acid / positive regulation of mitotic cell cycle / response to organic substance / 細胞分化 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein NANOG
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Saitakendu, K.S. / Stevens, R.C. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure and DNA Binding of the Homeodomain of the Stem Cell Transcription Factor Nanog.
著者: Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Saitakendu, K.S. / Stevens, R.C. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
B: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
C: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
D: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
E: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
F: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
G: HOMEOBOX PROTEIN NANOG
H: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8088
ポリマ－60,8088
非ポリマー00
水1,24369
1
A: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: HOMEOBOX PROTEIN NANOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6011
ポリマ－7,6011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.318, 114.771, 62.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.296178, -0.828859, -0.474628), (0.831273, -0.021035, 0.555467), (-0.470387, -0.559062, 0.682778)77.8993, -23.2391, 70.5943
2given(-0.725684, -0.446251, 0.523682), (0.686929, -0.426914, 0.58811), (-0.038878, 0.786515, 0.616347)48.6592, 25.0729, -33.8704
3given(0.850005, 0.21907, -0.479061), (0.362741, -0.902871, 0.230743), (-0.381982, -0.369908, -0.846911)30.6891, 70.1292, 128.1162
4given(0.036894, -0.324991, -0.944997), (-0.321237, 0.891594, -0.319167), (0.94628, 0.315343, -0.071504)116.2694, 0.8116, 2.1429
5given(-0.312064, 0.790285, 0.527319), (0.869375, 0.013697, 0.493963), (0.383149, 0.612587, -0.691328)-67.5347, 8.9067, 36.7058
6given(-0.301956, 0.494814, 0.814851), (-0.737174, 0.420785, -0.528692), (-0.604481, -0.760328, 0.237705)-27.2745, 38.7219, 84.2503
7given(-0.320536, 0.054304, -0.945679), (-0.017064, -0.998524, -0.051555), (-0.947083, -0.000388, 0.32099)52.2564, 123.903, 42.4374

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要素

#1: タンパク質
HOMEOBOX PROTEIN NANOG / ホメオボックス / HOMEOBOX TRANSCRIPTION FACTOR NANOG / EARLY EMBRYO SPECIFIC EXPRESSION NK-TYPE HOMEOBOX PROTEIN / ...HOMEOBOX TRANSCRIPTION FACTOR NANOG / EARLY EMBRYO SPECIFIC EXPRESSION NK-TYPE HOMEOBOX PROTEIN / ES CELL- ASSOCIATED PROTEIN 4 / NANOG


分子量: 7600.954 Da / 分子数: 8 / 断片: HOMEODOMAIN, RESIDUES 96-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETG60A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q80Z64
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GT DIPEPTIDE DERVIED FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % / 解説: DNA REMOVED FROM STARTING MODEL
結晶化pH: 7 / 詳細: PEG3350, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 20786 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IG7

1ig7


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 23.396 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.571 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FIRST 7 N-TERMINAL RESIDUES DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1040 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 19601 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.24 Å20 Å2-2.23 Å2
2---2.7 Å20 Å2
3---4.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3763 0 0 69 3832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.935106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7775429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.90824.8200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.61115829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8731524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3990.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4851.52250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87823493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.23131846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9714.51613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.398 63
Rwork0.36 1094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70971.82040.014511.1122-3.46165.79430.02190.00390.199-0.0098-0.00980.037-0.19670.141-0.0121-0.0612-0.00180.0373-0.1902-0.036-0.077620.897236.89643.0032
216.84812.39350.4261.2269-0.93472.14030.0232-0.6510.01230.1054-0.07850.0162-0.08620.13280.0553-0.1019-0.0342-0.0591-0.0489-0.041-0.024346.110961.629741.5968
37.4803-3.12640.616516.1526-0.17411.1416-0.05810.1330.35140.69010.2187-0.2114-0.003-0.0404-0.1606-0.0881-0.00270.0801-0.14230.0304-0.075725.289367.815939.8445
410.985-3.58568.14216.1674-2.304811.54850.73610.3318-1.0742-0.0879-0.10950.22430.7363-0.1368-0.6266-0.0909-0.0288-0.0801-0.1286-0.0642-0.067712.141159.431369.2244
520.697-5.00169.75489.2223-1.82826.7508-0.72730.51521.2150.7847-0.0284-1.0327-0.31790.1860.7557-0.07440.0223-0.0271-0.17150.0399-0.134523.419776.159775.8197
611.86581.8271.5016.9012-0.831111.0460.15031.07690.3064-0.30250.05940.1477-0.03570.1972-0.2096-0.26060.05010.00270.14570.0802-0.2078-0.838374.090856.1177
75.6802-0.57741.100319.3998-4.51015.319-0.15490.34430.2525-0.91660.35670.78890.0611-0.2538-0.2018-0.1135-0.1086-0.0666-0.10050.10980.059111.733354.417130.4267
812.28370.687-5.26436.3878-0.29497.55150.2392-0.18570.1050.2110.17020.6561-0.3055-0.5742-0.4095-0.05990.11220.1353-0.15160.25390.001811.201685.168834.3696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8H7 - 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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