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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v8s | ||||||
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タイトル | VTI1B HABC DOMAIN - EPSINR ENTH DOMAIN COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / CYTOPLASMIC VESICLE / LIPID-BINDING / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / VTI1B-EPSINR COMPLEX / CYTOPLASM (細胞質) / TRANSPORT / ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / COILED COIL (コイルドコイル) / SNARE / CARGO (貨物) / ADAPTOR / VESICLE / MEMBRANE (生体膜) / CLATHRIN (クラスリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle fusion with Golgi apparatus / clathrin vesicle coat / Golgi to vacuole transport / platelet degranulation / chloride channel inhibitor activity / clathrin coat assembly / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein targeting to vacuole ...vesicle fusion with Golgi apparatus / clathrin vesicle coat / Golgi to vacuole transport / platelet degranulation / chloride channel inhibitor activity / clathrin coat assembly / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein targeting to vacuole / vesicle docking involved in exocytosis / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / SNARE binding / platelet alpha granule lumen / phospholipid binding / ER to Golgi transport vesicle membrane / recycling endosome / エンドサイトーシス / recycling endosome membrane / シナプス小胞 / Platelet degranulation / late endosome membrane / early endosome membrane / vesicle / membrane fusion / membrane => GO:0016020 / エンドソーム / cadherin binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Owen, D.J. / McCoy, A.J. / Collins, B.M. / Miller, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: A Snare-Adaptor Interaction is a New Mode of Cargo Recognition in Clathrin Coated Vesicles 著者: Miller, S.E. / Collins, B.M. / Mccoy, A.J. / Robinson, M.S. / Owen, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v8s.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v8s.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v8s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17434.732 Da / 分子数: 1 / 断片: ENTH, RESIDUES 20-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: Q14677 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11253.795 Da / 分子数: 1 / 断片: HABC DOMAIN, RESIDUES 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLYSS / 参照: UniProt: Q96J28, UniProt: Q9UEU0*PLUS | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.9 Å / Num. obs: 11925 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: UNCOMPLEXED STRUCTURES 解像度: 2.22→19.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 6.973 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→19.55 Å
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拘束条件 |
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