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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ubp | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF NATIVE UREASE FROM BACILLUS PASTEURII | ||||||
要素 | (PROTEIN (UREASE ...) x 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / UREASE (ウレアーゼ) / BACILLUS PASTEURII / NICKEL (ニッケル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / ウレアーゼ / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sporosarcina pasteurii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Ciurli, S. / Mangani, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: A new proposal for urease mechanism based on the crystal structures of the native and inhibited enzyme from Bacillus pasteurii: why urea hydrolysis costs two nickels. 著者: Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Miletti, S. / Ciurli, S. / Mangani, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Crystallization and Preliminary High-Resolution X-Ray Diffraction Analysis of Native and Beta-Mercaptoethanol-Inhibited Urease from Bacillus Pasteurii 著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Mangani, S. #2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998 タイトル: The Complex of Bacillus Pasteurii Urease with Beta-Mercaptoethanol from X-Ray Data at 1.65 A Resolution 著者: Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Ciurli, S. / Mangani, S. #3: ジャーナル: Soil Biol.Biochem. / 年: 1996 タイトル: Bacillus Pasteurii Urease: A Heteropolimeric Enzyme with a Binuclear Nickel Active Site 著者: Benini, S. / Gessa, C. / Ciurli, S. #4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Absorption Spectroscopy Study of Native and Phenylphosphorodiamidate- Inhibited Bacillus Pasteurii Urease 著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Nolting, H.F. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ubp.cif.gz | 188.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ubp.ent.gz | 143.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ubp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/2ubp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/2ubp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-PROTEIN (UREASE ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 11187.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41022, ウレアーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13529.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41021, ウレアーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 61646.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 株: DSM 33 / 参照: UniProt: P41020, ウレアーゼ |
-非ポリマー , 3種, 884分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | KCX C 220, POSTRANSLA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.3 詳細: 53% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 1.2 M LICL, 20 MM SODIUM CITRATE PH 6.3. SEE ACTA (1998) D54 409-412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8855 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月3日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8855 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→14 Å / Num. obs: 114679 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.22 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 7.6 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 59 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 63765 / Num. measured all: 836977 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UBP 解像度: 2→20 Å / SU B: 2.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.162 / Rfactor Rfree: 0.204 / Rfactor Rwork: 0.16 / Num. reflection obs: 63765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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