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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rln | ||||||
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タイトル | THERMODYNAMIC AND STRUCTURAL CONSEQUENCES OF CHANGING A SULPHUR ATOM TO A METHYLENE GROUP IN THE M13NLE MUTATION IN RIBONUCLEASE S | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER / RNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Ratnaparkhi, G. / Varadarajan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Thermodynamic and structural consequences of changing a sulfur atom to a methylene group in the M13Nle mutation in ribonuclease-S. 著者: Thomson, J. / Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. / Sturtevant, J.M. / Richards, F.M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Crystallographic Structures of Ribonuclease S Variants with Nonpolar Substitutions at Position 13: Packing and Cavities 著者: Varadarajan, R. / Richards, F.M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Refinement of the Crystal Structure of Ribonuclease S. Comparison with and between the Various Ribonuclease A Structures 著者: Kim, E.E. / Varadarajan, R. / Wyckoff, H.W. / Richards, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rln.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rln.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rln.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rln | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 93 / 2: CIS PROLINE - PRO E 114 |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1732.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P61823*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11973.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00656, UniProt: P61823*PLUS, EC: 3.1.27.5 |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THIS RNASE S (M13NLE) MUTANT IS ONE OF A SERIES OF MUTANTS OF RNASE S AT POSITION 13. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.75 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.5 |