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- PDB-2rke: The Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with sulfoacetate. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rke
タイトルThe Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with sulfoacetate.
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / kinase (キナーゼ) / gluconeogenesis (糖新生) / Decarboxylase (脱炭酸酵素) / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


糖新生 / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / response to methionine / cellular response to potassium ion starvation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to acidic pH / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / cellular response to fructose stimulus / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity ...糖新生 / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / response to methionine / cellular response to potassium ion starvation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to acidic pH / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / cellular response to fructose stimulus / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / propionate catabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / oxaloacetate metabolic process / carboxylic acid binding / positive regulation of memory T cell differentiation / hepatocyte differentiation / cellular response to glucagon stimulus / nucleoside diphosphate kinase activity / response to starvation / response to lipid / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to interleukin-1 / cellular response to retinoic acid / 糖新生 / cellular response to cAMP / response to activity / response to insulin / response to bacterium / cellular response to glucose stimulus / lipid metabolic process / GDP binding / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / manganese ion binding / response to lipopolysaccharide / 老化 / peptidyl-serine phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / 小胞体 / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / sulfoacetic acid / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sullivan, S.M. / Stiffin, R.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2008
タイトル: Differential Inhibition of Cytosolic PEPCK by Substrate Analogues. Kinetic and Structural Characterization of Inhibitor Recognition.
著者: Stiffin, R.M. / Sullivan, S.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0136
ポリマ-69,6441
非ポリマー3695
7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.180, 119.031, 60.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P07379, ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ

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非ポリマー , 5種, 436分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 化合物 ChemComp-SAT / sulfoacetic acid / スルホ酢酸


分子量: 140.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H4O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12-30% PEG 3350, 0.1M HEPES, 10 MM MNCL2, pH 7.4, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月8日 / 詳細: BLUE OSMIC Confocal MIRRORS
放射モノクロメーター: Blue osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 53184 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.863.70.52239091.042170.2
1.86-1.945.70.47247181.002184.3
1.94-2.0370.37452610.938193.7
2.03-2.1380.29855361.022199.1
2.13-2.279.10.23756291.1261100
2.27-2.449.50.18555761.0211100
2.44-2.699.80.14556141.0091100
2.69-3.089.80.10856171.0911100
3.08-3.889.90.07556291.0931100
3.88-1009.90.05356951.011199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化解像度: 1.8→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.3 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2687 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 53125 94.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.05 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 16 431 5259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9666900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44624.31232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01115891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5631531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23401
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1020.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5181.53105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90325019
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37832066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1884.51861
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 140 -
Rwork0.347 2549 -
all-2689 -
obs--64.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7156-0.4383-0.4023.7167-0.18210.56930.0520.17680.0178-0.55770.0619-0.0584-0.0577-0.0978-0.11390.0936-0.0175-0.00620.0840.0048-0.0208-0.2489-15.8254-21.8126
20.66980.2434-0.39021.4315-0.05061.42360.01130.0397-0.11340.226-0.02710.08360.24120.00140.01580.060.0027-0.0127-0.02830.00550.0339-1.9113-21.43182.3472
30.35610.01310.40013.37711.11620.80880.06820.0894-0.0184-0.10360.0732-0.4098-0.12770.0415-0.1414-0.0512-0.0306-0.01610.0969-0.02510.072515.10173.4848-4.2389
40.21940.16480.09821.24130.38030.1280.03070.07150.05160.0956-0.07310.09130.0547-0.00180.0424-0.02780.0111-0.04560.08150.010.0490.6473-8.3006-4.7095
51.5595-0.1434-1.03130.0615-0.1451.8735-0.19430.0554-0.19840.1271-0.01340.06950.1253-0.01920.20770.0765-0.02560.06510.0028-0.01920.0876-13.69465.265913.4121
60.5446-0.93550.26712.4855-0.07260.301-0.03660.0834-0.0520.6304-0.08630.41540.1409-0.03660.1230.2338-0.06940.1318-0.0202-0.00080.0134-8.0711-11.468616.8522
70.0326-0.1467-0.11790.65980.53040.4264-0.11540.01370.02640.23610.02420.05160.11260.0240.09120.09820.00560.02330.0480.02380.0323-1.92173.923713.663
82.25440.25480.27950.5208-0.2860.6855-0.1067-0.2189-0.05610.0786-0.07420.11140.0393-0.02660.18090.05630.02930.0160.05060.015-0.0013-10.340514.999323.1742
90.48920.20.98540.27441.23595.58790.4841-1.43560.2786-0.217-0.11990.21960.0164-0.2681-0.36410.09840.02310.07320.19240.16880.2072-10.707312.438935.3171
100.7906-0.8537-0.57880.96280.38831.7854-0.1027-0.03160.07050.12180.1042-0.0996-0.10410.1549-0.00160.0303-0.0167-0.06240.04870.00420.03967.852323.999117.1232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 366 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2AA37 - 8939 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3AA90 - 13492 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4AA135 - 258137 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5AA259 - 317261 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6AA318 - 385320 - 387
7X-RAY DIFFRACTION7AA386 - 500388 - 502
8X-RAY DIFFRACTION8AA501 - 562503 - 564
9X-RAY DIFFRACTION9AA563 - 579565 - 581
10X-RAY DIFFRACTION10AA580 - 622582 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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