PDB-2rdu: Crystal Structure of Human Glycolate Oxidase in Complex with Glyo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rdu

タイトル

Crystal Structure of Human Glycolate Oxidase in Complex with Glyoxylate

要素

Hydroxyacid oxidase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GOX /

HAOX1 /

glycolate oxidase / hydroxy acid oxidase /

glyoxylate (グリオキシル酸) /

glyoxylic acid (グリオキシル酸) /

Flavoprotein (フラボタンパク質) / FMN / Glycolate pathway /

Peroxisome (ペルオキシソーム)

機能・相同性

機能・相同性情報

グリオキシル酸オキシダーゼ /

glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process /

(S)-2-ヒドロキシ酸オキシダーゼ / fatty acid alpha-oxidation /

(S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / glycine biosynthetic process / peroxisomal matrix /

Peroxisomal protein import ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
著者: Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.

履歴

登録	2007年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rdu.cif.gz	91.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rdu.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2rdtC 2rdwC 1goxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rdw-1 6gmc-1 2nzl-2 6a0d-1 5zbm-2 6a21-1 6a24-1 6a36-1 1gox-1 6a0v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.386, 97.386, 80.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX 分子量: 42640.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-ヒドロキシ酸オキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸 / グリオキシル酸分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES,PEG 600,glyoxylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→30.8 Å / Num. obs: 44625 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.57 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 11.6 / Scaling rejects: 1541

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.65-1.71	3.08	0.412	2.7	12281	3990	0.89	88.8
1.71-1.78	4.35	0.406	3.4	19442	4459	1.01	99.2
1.78-1.86	4.6	0.346	3.9	20931	4526	1.1	100
1.86-1.96	4.65	0.313	4.3	20904	4468	1.18	100
1.96-2.08	4.69	0.225	5.5	21299	4508	1.08	100
2.08-2.24	4.74	0.167	6.9	21609	4517	1.05	100
2.24-2.46	4.79	0.116	9.6	21752	4498	0.99	100
2.46-2.82	4.85	0.086	14.4	22103	4522	0.87	100
2.82-3.55	4.88	0.042	22.9	22263	4535	0.78	100
3.55-30.8	4.85	0.029	35.5	22707	4602	0.81	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	30.8 Å
Translation	2.5 Å	30.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2L	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GOX

1gox

解像度: 1.65→30.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.116 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2244	5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	44620	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2801	0	36	232	3069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.986	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.834	23.607	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.427	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.865	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.844	1.5	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.208	2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.219	3	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.496	4.5	1038

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	152	-
R_work	0.322	2755	-
all	-	2907	-
obs	-	-	87.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6395	0.5471	0.3183	1.0127	0.4161	0.4543	0.0435	-0.0952	-0.0062	0.1459	-0.067	0.0154	0.051	-0.0394	0.0235	0.0883	0.0077	0.0244	0.0848	0.0065	0.0135	14.771	-11.793	-11.635
2	0.8326	0.1332	-0.1625	0.8196	-0.1158	0.2757	0.0096	0.0142	-0.1773	0.0842	0.0199	-0.2547	0.0471	0.0666	-0.0295	0.0613	0.0132	-0.0189	0.0456	0.0034	0.0611	31.996	-20.681	-16.85
3	1.0182	-0.5599	-0.5673	1.7724	0.4299	1.1496	-0.0189	-0.2528	0.0968	0.2725	0.136	-0.4649	-0.014	0.2389	-0.1171	0.0455	-0.0106	-0.057	0.0868	-0.018	0.1041	38.069	-6.061	-11.347
4	0.5194	0.2623	0.0874	1.5947	0.2158	0.2665	-0.0158	0.0785	0.0083	-0.1862	0.0543	-0.1977	-0.0259	0.0664	-0.0385	0.0569	-0.0009	0.0241	0.0658	-0.0013	0.0181	27.511	-8.946	-27.012
5	1.8782	0.5216	1.1837	1.1596	0.4194	2.2483	0.0293	0.0543	-0.1364	0.0382	-0.0039	-0.0259	0.0804	-0.0246	-0.0254	0.0606	0.0034	0.0262	0.043	0.0071	0.0364	15.699	-23.965	-18.069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 54	20 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	55 - 140	72 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	141 - 202	158 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	203 - 315	220 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	316 - 362	333 - 379

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