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万見
- PDB-2rdb: X-ray Crystal Structure of Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdb
タイトルX-ray Crystal Structure of Toluene/o-Xylene Monooxygenase Hydroxylase I100W Mutant
要素(Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit; ...トルエン) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / diiron / 4-helix bundle / carboxylate bridge / metalloenzyme (金属タンパク質) / tryptophan radical / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / : / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YHS domain / YHS domain / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A ...YHS domain / YHS domain / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Toluene o-xylene monooxygenase oxygenase subunit TouA / Toluene o-xylene monooxygenase component TouB / Toluene o-xylene monooxygenase component TouE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Murray, L.J. / Garcia-Serres, R. / McCormick, M.S. / Davydov, R. / Naik, S. / Hoffman, B.M. / Huynh, B.H. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Dioxygen activation at non-heme diiron centers: oxidation of a proximal residue in the I100W variant of toluene/o-xylene monooxygenase hydroxylase.
著者: Murray, L.J. / Garcia-Serres, R. / McCormick, M.S. / Davydov, R. / Naik, S.G. / Kim, S.H. / Hoffman, B.M. / Huynh, B.H. / Lippard, S.J.
履歴
登録2007年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;alpha
B: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;beta
C: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0159
ポリマ－106,2273
非ポリマー7876
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13140 Å2
手法PISA
2
A: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;alpha
B: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;beta
C: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;gamma
ヘテロ分子

A: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;alpha
B: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;beta
C: Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,02918
ポリマ－212,4546
非ポリマー1,57512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)182.420, 182.420, 67.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit; ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;alpha / トルエン


分子量: 57859.758 Da / 分子数: 1 / 変異: I100W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ)
株: OX1 / 遺伝子: touA / プラスミド: pET22BEA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87798
#2: タンパク質 Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;beta / トルエン


分子量: 38381.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ)
株: OX1 / 遺伝子: touE / プラスミド: pET22BEA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87802
#3: タンパク質 Toluene, o-xylene monooxygenase oxygenase subunit;gamma / トルエン


分子量: 9986.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ)
株: OX1 / 遺伝子: touB / プラスミド: pET22BEA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87799

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非ポリマー , 5種, 164分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / MOPS (緩衝剤)


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 2.1-2.5 M Ammonium Sulfate, 2-4% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 101 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 75743 / Num. obs: 73939 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 19.4 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SSRLBLU-ICEデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2INC

2inc


解像度: 2.1→36.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.029 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2837 3226 5 %RANDOM
Rwork0.2172 ---
obs0.22057 60892 84.67 %-
all-73882 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.97 Å2-2.49 Å20 Å2
2---4.97 Å20 Å2
3---7.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7341 0 46 158 7545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0227620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7611.93110329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2695895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79623.835399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.416151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7791555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.21054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.24041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.25001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6321.54680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45227199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.14133614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2574.53129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 197 -
Rwork0.326 4419 -
obs--83.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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