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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qyw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse vti1b Habc domain | ||||||
要素 | Vesicle transport through interaction with t-SNAREs 1B homolog | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / Habc domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi to vacuole transport / Platelet degranulation / chloride channel inhibitor activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport ...vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi to vacuole transport / Platelet degranulation / chloride channel inhibitor activity / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / SNARE binding / オートファジー / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / recycling endosome / recycling endosome membrane / シナプス小胞 / late endosome membrane / early endosome membrane / vesicle / membrane => GO:0016020 / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, S.E. / Collins, B.M. / McCoy, A.J. / Robinson, M.S. / Owen, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: A SNARE-adaptor interaction is a new mode of cargo recognition in clathrin-coated vesicles. 著者: Miller, S.E. / Collins, B.M. / McCoy, A.J. / Robinson, M.S. / Owen, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qyw.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qyw.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/2qyw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11974.978 Da / 分子数: 1 / 断片: Habc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vti1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/plysS / 参照: UniProt: Q91XH6, UniProt: O88384*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Tris, 30% ethanol and 20% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→79 Å / Num. obs: 6751 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 9.984 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.105 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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