PDB-2qu8: Crystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qu8

タイトル

Crystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF0625w from Plasmodium falciparum

要素

Putative nucleolar GTP-binding protein 1

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION /

GTPase (GTPアーゼ) /

malaria (マラリア) /

plasmodium falciparum /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative nucleolar GTP-binding protein 1 PFF0625w from Plasmodium falciparum.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Ravichandran, M. / Shapiro, M. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Hui, R. ...

履歴

登録	2007年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qu8.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qu8.ent.gz	37.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/2qu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/2qu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qll-d 6qlh-d 6qlj-d 1kzl-d 2nr9-d 6qli-d 6cj3-d 2ncn-d 3zqu-d 5eir-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative nucleolar GTP-binding protein 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.377, 77.162, 40.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative nucleolar GTP-binding protein 1 分子量: 25521.195 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 166-370 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFF0625w / プラスミド: p15-TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q6LFE0
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID
1
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6.5	28% PEG 2000 MME, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 1 mM GDP, 2 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
298	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.2	28% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate pH 5.2, 1 mM GDP, 2 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID		1	0.97937
回転陽極			RIGAKU FR-E+ DW	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年6月10日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2007年5月3日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97937	1
2	1.5418	1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 7.4 / 数: 86347 / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.26 / D res high: 2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 12457 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	40	99.5	1	0.049	2.238	6.4
3.42	4.31	100	1	0.064	2.073	6.9
2.99	3.42	100	1	0.077	1.301	7.1
2.71	2.99	100	1	0.108	1.122	7.2
2.52	2.71	100	1	0.136	1.025	7.2
2.37	2.52	100	1	0.169	0.95	7.2
2.25	2.37	100	1	0.223	0.932	7.2
2.15	2.25	100	1	0.274	1.059	7.1
2.07	2.15	100	1	0.345	0.852	6.9
2	2.07	99.3	1	0.401	0.982	6.2

反射

解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 12175 / Num. obs: 12175 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.041 / Χ²: 1.221 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 1181 / R_sym value: 0.301 / Χ²: 0.816 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→32.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	580	4.8 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
all	0.225	12151	-	-
obs	0.225	12139	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.034 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→32.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1512	0	28	72	1612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.992	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.64	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.189	26.406	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.968	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.388	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.578	1.5	994
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.025	2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.122	3	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.803	4.5	548

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.065 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.439	43	-
R_work	0.273	818	-
all	-	861	-
obs	-	614	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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