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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qpe | ||||||
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タイトル | An unexpected outcome of surface-engineering an integral membrane protein: Improved crystallization of cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome ba3 oxidase / heme (ヘム) / integral membrane protein / Electron transport (電子伝達系) / Hydrogen ion transport / Ion transport / Iron (鉄) / Metal-binding / Respiratory chain (電子伝達系) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport / Formylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Luna, V.M. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: An unexpected outcome of surface engineering an integral membrane protein: improved crystallization of cytochrome ba(3) from Thermus thermophilus. 著者: Liu, B. / Luna, V.M. / Chen, Y. / Stout, C.D. / Fee, J.A. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2005 タイトル: A homologous expression system for obtaining engineered cytochrome ba3 from Thermus thermophilus 著者: Chen, Y. / Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Luna, E. / Fee, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qpe.cif.gz | 168.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qpe.ent.gz | 129.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63430.008 Da / 分子数: 1 / 変異: K258R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaA / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ79, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18580.314 Da / 分子数: 1 / 変異: E4Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaB, ctaC / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ80, シトクロムcオキシダーゼ |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: cbaD / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 4分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#6: 化合物 | ChemComp-HAS / |
#7: 化合物 | ChemComp-CUA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7% PEK 2K, 50 mM KCl, 20 mM Bis-Tris, pH 7.0, 6.5 mM n-nonyl-beta-D-glucopyranoside, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL FOCUSING); SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 19803 / Num. obs: 19803 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 3095 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XME 解像度: 2.9→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 41.862 / SU ML: 0.386 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.867 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.5748 Å / Origin y: 22.2142 Å / Origin z: -0.4926 Å
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精密化 TLSグループ |
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