PDB-2qks: Crystal structure of a Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qks

タイトル

Crystal structure of a Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

要素

Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

キーワード

METAL TRANSPORT /

CHIMERA / G-PROTEIN GATED INWARD RECTIFIER /

POTASSIUM CHANNEL (カリウムチャネル) / SELECTIVITY FILTER

機能・相同性

機能・相同性情報

G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential /

inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / potassium ion import across plasma membrane /

voltage-gated potassium channel complex / response to electrical stimulus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Paraburkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nishida, M. / MacKinnon, R.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera.
著者: Nishida, M. / Cadene, M. / Chait, B.T. / Mackinnon, R.

履歴

登録	2007年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2017年6月7日	Group: Database references / Other / Source and taxonomy
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qks.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qks.ent.gz	106.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n9pS 1p7bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qvi-d 3syq-1 3bnx-d 4y0e-1 4j5i-1 7kaz-1 3qit-d 3bny-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (3) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (2) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

B: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

A: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

A: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

A: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

B: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

B: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

B: Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.416, 98.416, 92.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- K
2	1	A-402- K
3	1	A-403- K
4	1	A-404- K
5	1	A-405- K
6	1	A-406- K
7	1	A-407- K
8	1	B-408- K
9	1	B-409- K
10	1	B-410- K
11	1	B-411- K
12	1	B-412- K
13	1	A-528- HOH
14	1	A-530- HOH
15	1	B-486- HOH
16	1	B-489- HOH

詳細

The biological tetrameric assembly of the chain A molecule is generated by the operations: (y, 1-x, z), (1-x, 1-y, z) and (1-y, x, z). The biological tetrameric assembly of the chain B molecule is generated by the operations: (1-y, -1+x, z), (2-x, -y, z) and (1+y, 1-x, z).

#1: タンパク質

Kir3.1-prokaryotic Kir channel chimera / GIRK1 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 3 / Inward rectifier K+ / channel Kir3.1

分子量: 36176.582 Da / 分子数: 2
断片: KIR3.1 (residues 3-44, 125-318), KIRBAC1.3 TRANSMEMBRANE domain (residues 45-124)
変異: M127A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現)

Paraburkholderia xenovorans (バクテリア)
属: Burkholderia

バークホルデリア属 / プラスミド: pET28b(+) / 株: LB400 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63250, UniProt: Q146M9

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン

分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10-15% (w/v) PEG 4000, 0.05M sodium citrate, 0.2M potassium phosphate, 0.08M bis-tris, 0.12M KCl, 0.003M dithiothreitol, 0.02M tris (2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride, 0.0026M 1,2- ...詳細: 10-15% (w/v) PEG 4000, 0.05M sodium citrate, 0.2M potassium phosphate, 0.08M bis-tris, 0.12M KCl, 0.003M dithiothreitol, 0.02M tris (2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride, 0.0026M 1,2-dihexanoyl phosphatidylinositol 4,5-biphosphate, 0.016M nonylglucoside , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

結晶

マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.3 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10-15% (w/v) PEG 4000, 0.05M sodium citrate, 0.2M potassium phosphate, 0.08M bis-tris, 0.12M KCl, 0.003M dithiothreitol, 0.02M tris (2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride, 0.0026M 1,2- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月2日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTALS (Silicon) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 43991 / Num. obs: 43991 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 46.1 Å² / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 4450 / R_sym value: 0.309 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1N9P, 1P7B

1n9p

1p7b

解像度: 2.2→29.5 Å
Isotropic thermal model: Anisotropic model for the reflection data and restrained individual isotoropic temperature factors for the coordinates
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: During the refinement, only the anisotropic components of the correction were applied to the data, the isotropic component was not applied to the coordinates. The bulk solvent correction was ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	2179	-	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
all	0.232	43987	-	-
obs	0.232	43987	97.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.324 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.324 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.648 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.28 Å	0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4660	0	33	226	4919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.28
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.78
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.58
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.68
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.92
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.87

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.37 Å / R_factor R_free error: 0.015

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	452	-
R_work	0.287	-	-
obs	-	8902	99.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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