PDB-2q6u: SeMet-substituted form of NikD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q6u

タイトル

SeMet-substituted form of NikD

要素

NikD protein

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) /

Rossmann fold (ロスマンフォールド)

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces tendae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Carrell, C.J. / Bruckner, R.C. / Venci, D. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: NikD, an Unusual Amino Acid Oxidase Essential for Nikkomycin Biosynthesis: Structures of Closed and Open Forms at 1.15 and 1.90 A Resolution
著者: Carrell, C.J. / Bruckner, R.C. / Venci, D. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S.

履歴

登録	2007年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q6u.cif.gz	91.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q6u.ent.gz	72.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2olnC 2oloC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qsm-2 1l9e-1 1l9e-2 1el7-1 4a37-1 3qsm-1 3qss-2 5ncw-d 1el9-1 3gmb-2 3hhc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NikD protein

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.520, 96.120, 78.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biological assembly is a monomer.

#1: タンパク質	NikD protein 分子量: 44251.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 株: Tu501 / 遺伝子: nikD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X9P9
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸 / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 30% PEG-1500, 50 mM HEPES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9791, 0.9794, 0.9500, 1.0000

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月2日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9794	1
3	0.95	1
4	1	1

Reflection

D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	15.1	384455	0.068	1.37	51037	99.7
2	12.6	376632	0.073	1.29	50987	99.6
3	11.1	374339	0.07	1.03	50823	99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
3.77	50	97.8	1	0.054	1.898
2.99	3.77	100	1	0.056	1.762
2.61	2.99	100	1	0.067	1.66
2.38	2.61	100	1	0.079	1.503
2.2	2.38	100	1	0.091	1.399
2.07	2.2	100	1	0.103	1.282
1.97	2.07	100	1	0.13	1.181
1.89	1.97	100	1	0.171	1.094
1.81	1.89	100	1	0.226	0.995
1.75	1.81	99.5	1	0.304	0.902
3.77	50	97.8	2	0.054	1.664
2.99	3.77	100	2	0.058	1.754
2.61	2.99	100	2	0.074	1.699
2.38	2.61	100	2	0.091	1.504
2.2	2.38	100	2	0.106	1.346
2.07	2.2	100	2	0.121	1.203
1.97	2.07	100	2	0.158	1.082
1.89	1.97	100	2	0.208	0.94
1.81	1.89	99.9	2	0.275	0.83
1.75	1.81	98	2	0.366	0.754
3.77	50	98.6	3	0.049	1.324
2.99	3.77	100	3	0.053	1.286
2.61	2.99	100	3	0.069	1.179
2.38	2.61	100	3	0.09	1.074
2.2	2.38	100	3	0.112	1.024
2.07	2.2	100	3	0.137	0.983
1.97	2.07	100	3	0.187	0.929
1.89	1.97	100	3	0.258	0.862
1.81	1.89	99.5	3	0.351	0.791
1.75	1.81	94.7	3	0.473	0.736

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 50708 / % possible obs: 99.3 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 1.074 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.75-1.81	0.425	4888	0.787	95.7
1.81-1.89	0.319	5051	0.856	99.8
1.89-1.97	0.239	5074	0.962	100
1.97-2.07	0.176	5117	1.065	100
2.07-2.2	0.131	5084	1.104	100
2.2-2.38	0.109	5091	1.113	100
2.38-2.61	0.087	5107	1.104	100
2.61-2.99	0.068	5118	1.158	100
2.99-3.77	0.055	5103	1.254	100
3.77-50	0.054	5075	1.233	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
XFIT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2501	4.9 %	Random
R_work	0.191	-	-	-
obs	-	49801	97.1 %	-

溶媒の処理

B_sol: 45.409 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.337 Å²	0 Å²	4.468 Å²
2-	-	-1.182 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.845 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3005	0	62	252	3319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.091	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.48	3
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.234	4
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.59
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.07

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	fad_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	4	bez_xplor.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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