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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pd8 | ||||||
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タイトル | 1.8 Angstrom Crystal Structure of the Cys71Ser mutant of Vivid | ||||||
要素 | Vivid PAS protein VVD | ||||||
キーワード | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / LOV Domain / flavin / photoreceptor / circadian clock | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (アカパンカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zoltowski, B.D. / Crane, B.R. / Bilwes, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2007 タイトル: Conformational switching in the fungal light sensor Vivid 著者: Zoltowski, B.D. / Schwerdtfeger, C. / Widom, J. / Loros, J.J. / Bilwes, A.M. / Dunlap, J.C. / Crane, B.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pd8.cif.gz | 82.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pd8.ent.gz | 60.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16984.443 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 37-184 / 変異: C71S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ) 遺伝子: vvd, G17A4.050 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9C3Y6 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 5000 MME, 0.1M tri-sodium citrate, 0.1M Ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double-bounce downward, offset 25.4 mm プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 54748 / Num. obs: 54748 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique all: 3636 / % possible all: 60 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PD7 解像度: 1.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 26.453 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.899 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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