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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p4j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-secretase bond to an inhibitor with Isophthalamide Derivatives at P2-P3 | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-secretase (Β-セクレターゼ) / memapsin (Β-セクレターゼ1) / BACE / asp / aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / acid protease (プロテアーゼ) / Alzheimer's disease (アルツハイマー病) / drug design (医薬品設計) / structure based drug design | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / 樹状突起 / neuronal cell body / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, L. / Ghosh, A.K. / Tang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007 タイトル: Design, synthesis, and X-ray structure of potent memapsin 2 (beta-secretase) inhibitors with isophthalamide derivatives as the P2-P3-ligands. 著者: Ghosh, A.K. / Kumaragurubaran, N. / Hong, L. / Kulkarni, S.S. / Xu, X. / Chang, W. / Weerasena, V. / Turner, R. / Koelsch, G. / Bilcer, G. / Tang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p4j.cif.gz | 319.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p4j.ent.gz | 261.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p4j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fknS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43312.805 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: PET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 #2: 化合物 | ChemComp-23I / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: APO ENZYME CRYSTAL WAS OBTAINED AT 15 mg/ml, 13% PEG 8000, PH 6.5 IN SODIUM CACODYLATE BUFFER. THE APO ENZYME CRYSTAL WAS SOAKED IN CONCENTRATED INHIBITOR SOLUTION ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: APO ENZYME CRYSTAL WAS OBTAINED AT 15 mg/ml, 13% PEG 8000, PH 6.5 IN SODIUM CACODYLATE BUFFER. THE APO ENZYME CRYSTAL WAS SOAKED IN CONCENTRATED INHIBITOR SOLUTION TO MAKE THE ENZYME/INHIBITOR COMPLEX CRYSTAL FOR X-RAY DATA COLLECTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 66606 / Num. obs: 66290 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5760 / Χ2: 1.029 / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1FKN 解像度: 2.5→50 Å / FOM work R set: 0.793 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 37.395 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.821 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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