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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p17 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GK1651 from Geobacillus kaustophilus | ||||||
要素 | Pirin-like protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / GK1651 / Geobacillus Kaustophilus / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / Protein Structure Initiative / SECSG / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Fu, Z.-Q. / Rose, J.P. / Wang, B.C. ...Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Fu, Z.-Q. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of GK1651 from Geobacillus kaustophilus 著者: Zhu, J. / Swindell II, J.T. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Fu, Z.-Q. / Rose, J.P. / Wang, B.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p17.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p17.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p17 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31459.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK1651 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q5KZF0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: MICROBATCH USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (5.09 mg/ml) AND SOLUTION CONTAING 30% w/v PEG 4000, 0.1 M SODIUM ACETATE, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 4.6, TEMPERATURE 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: ROSENBAUM |
放射 | モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 35234 / Num. obs: 35234 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rsym value: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 22.5 / Num. unique all: 3479 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.52→19.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.19 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.084 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.558 Å / Total num. of bins used: 20
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