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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p04 | ||||||
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タイトル | 2.1 Ang structure of the dimerized PAS domain of signal transduction histidine kinase from Nostoc punctiforme PCC 73102 with homology to the H-NOXA/H-NOBA domain of the soluble guanylyl cyclase | ||||||
要素 | signal transduction histidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PAS-like fold dimer / homologous to soluble guanylyl cyclase domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc punctiforme (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. / Ma, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: PAS-mediated dimerization of soluble guanylyl cyclase revealed by signal transduction histidine kinase domain crystal structure. 著者: Ma, X. / Sayed, N. / Baskaran, P. / Beuve, A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p04.cif.gz | 54.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p04.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p04_validation.pdf.gz | 428.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2p04_full_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2p04_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p04_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/2p04 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13870.230 Da / 分子数: 2 / 断片: H-NOXA/H-NOBA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: COG0642 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D0VWX5*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 1.5M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 12364 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 59.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Truncated delta-7 H-NOXA structure 解像度: 2.11→25.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.062 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.334 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→25.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.11 Å / Num. reflection Rwork: 556 / Total num. of bins used: 20 |