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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2oxf | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the unliganded uridine phosphorylase from Salmonella typhimurium in homodimeric form at 1.76A resolution | ||||||
要素 | Uridine phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / nucleoside catabolic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Pavlyk, B.P. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Mikhailov, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray structure of the unliganded uridine phosphorylase from Salmonella typhimurium in homodimeric form at 1.76A resolution 著者: Timofeev, V.I. / Pavlyk, B.P. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Mikhailov, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2oxf.cif.gz | 105.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2oxf.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2oxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/2oxf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer, which presented in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26821.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: UDP / プラスミド: PBLUESCRIPT IISK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0A1F6, uridine phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→150.86 Å / Num. obs: 39165 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→8 Å
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拘束条件 |
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