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- PDB-2opg: The crystal structure of the 10th PDZ domain of MPDZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2opg
タイトルThe crystal structure of the 10th PDZ domain of MPDZ
要素Multiple PDZ domain protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


tight junction assembly / microtubule organizing center organization / apicolateral plasma membrane / bicellular tight junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / apical part of cell / postsynaptic density / apical plasma membrane / 樹状突起 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン ...Multiple PDZ domain protein / Unstructured region 10 on multiple PDZ protein / L27-2 / L27_2 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multiple PDZ domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Gorrec, F. / Savitsky, P. / Umeano, C. / Berridge, G. / Gileadi, O. ...Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Gorrec, F. / Savitsky, P. / Umeano, C. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Salah, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the 10th PDZ domain of MPDZ
著者: Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Gorrec, F. / Savitsky, P. / Umeano, C. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Salah, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. ...著者: Gileadi, C. / Phillips, C. / Elkins, J. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Gorrec, F. / Savitsky, P. / Umeano, C. / Berridge, G. / Gileadi, O. / Salah, E. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2007年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple PDZ domain protein
B: Multiple PDZ domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5033
ポリマ－21,4802
非ポリマー231
水4,197233
1
A: Multiple PDZ domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7632
ポリマ－10,7401
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Multiple PDZ domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7401
ポリマ－10,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.944, 54.944, 118.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-186-

HOH

詳細The two molecules in the asu correspond to two biological units

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要素

#1: タンパク質 Multiple PDZ domain protein / Multi-PDZ domain protein 1


分子量: 10740.190 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain PDZ-10: Residues 1625-1685 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPDZ, MUPP1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75970
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS, 20% mPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.47 Å / Num. all: 33890 / Num. obs: 33890 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Num. unique all: 4827 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FNE

2fne


解像度: 1.5→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21718 1718 5.1 %RANDOM
Rwork0.17244 ---
all0.17473 32150 --
obs0.17473 32150 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.13 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 1 238 1768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.9822100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.33232584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.565200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5823.7564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73415288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3580.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5373981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7543412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.90351588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2917583
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.19511510
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 134 -
Rwork0.196 2296 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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