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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ny7 | ||||||
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タイトル | HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / gp120 (Gp120 (HIV)) / broadly neutralizing antibody (中和抗体) / b12 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / CD22 mediated BCR regulation / Alpha-defensins / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / CD22 mediated BCR regulation / Alpha-defensins / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / Dectin-2 family / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Binding and entry of HIV virion / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / antigen binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / host cell endosome membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / 獲得免疫系 / viral protein processing / 免疫応答 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, T. / Xu, L. / Dey, B. / Hessell, A.J. / Van Ryk, D. / Xiang, S.H. / Yang, X. / Zhang, M.Y. / Zwick, M.B. / Arthos, J. ...Zhou, T. / Xu, L. / Dey, B. / Hessell, A.J. / Van Ryk, D. / Xiang, S.H. / Yang, X. / Zhang, M.Y. / Zwick, M.B. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Structural definition of a conserved neutralization epitope on HIV-1 gp120. 著者: Zhou, T. / Xu, L. / Dey, B. / Hessell, A.J. / Van Ryk, D. / Xiang, S.H. / Yang, X. / Zhang, M.Y. / Zwick, M.B. / Arthos, J. / Burton, D.R. / Dimitrov, D.S. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ny7.cif.gz | 323.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ny7.ent.gz | 265.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ny7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2ny7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/2ny7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35126.867 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE 変異: M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXBc2 / プラスミド: CMVR / 細胞株 (発現宿主): embryonic cell line 293 / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04578 | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 24910.846 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): CHO-K1 | ||
#3: 抗体 | 分子量: 23707.354 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): CHO-K1 / 参照: UniProt: P01834*PLUS | ||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 41973 / Num. obs: 40798 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entries 1HZH, 1GC1 解像度: 2.3→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 15.885 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Authors state that because crystals were small and subject to high radiation dosages during data collection, difference fouriers comparing the initial and final swatches of data were ...詳細: Authors state that because crystals were small and subject to high radiation dosages during data collection, difference fouriers comparing the initial and final swatches of data were inspected to identify radiation-induced disulfide breakage, and the refined models were adjusted to reflect the initial, radiation-damage free structure. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.345 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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