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万見
- PDB-2mz8: Solution NMR structure of Salmonella Typhimurium transcriptional ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mz8
タイトルSolution NMR structure of Salmonella Typhimurium transcriptional regulator protein Crl
要素Sigma factor-binding protein Crl
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Crl / Salmonella enterica / serovar Typhimurium / sigmaS / sigma factor binding protein / sigma factor activator / stationary phase / stress response (闘争・逃走反応) / transcriptional regulator / curli / RpoS / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellulose biosynthetic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sigma factor-binding protein Crl monomer / Sigma factor-binding transcriptional regulator Crl / Sigma factor-binding protein Crl superfamily / Sigma factor-binding transcriptional regulator Crl / TATA結合タンパク質 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma factor-binding protein Crl
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Cavaliere, P. / Levi-Acobas, F. / Monteil, V. / Bellalou, J. / Mayer, C. / Norel, F. / Sizun, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Binding interface between the Salmonella sigma (S)/RpoS subunit of RNA polymerase and Crl: hints from bacterial species lacking crl.
著者: Cavaliere, P. / Sizun, C. / Levi-Acobas, F. / Nowakowski, M. / Monteil, V. / Bontems, F. / Bellalou, J. / Mayer, C. / Norel, F.
履歴
登録2015年2月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma factor-binding protein Crl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1691
ポリマ－18,1691
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sigma factor-binding protein Crl


分子量: 18169.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: crl, STM0319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7CR52

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
2312D 1H-15N HSQC
2422D 1H-15N HSQC
2523D HN(CA)CB
1622D 1H-15N HSQC
1723D HNCA
1823D HN(CO)CA
1923D CBCA(CO)NH
11023D HNCO
11142D 1H-15N HSQC
11243D HNCO
11343D HN(CA)CO
11443D HNCA
11543D HN(CO)CA
11632D 1H-13C HSQC
11733D (H)CCH-TOCSY
11833D 1H-13C NOESY
11932D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-98% 15N] His_ST-Crl, 50.0 mM Sodium phosphate, 300.0 mM Sodium chloride, 2.0 mM Dithiotreitol, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.25 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] His_ST-Crl, 50.0 mM Sodium phosphate, 300.0 mM Sodium chloride, 2.0 mM Dithiotreitol, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.35 mM [U-198% 13C; U-198% 15N] His_ST-Crl, 50.0 mM Sodium phosphate, 300.0 mM Sodium chloride, 2.0 mM Dithiotreitol, 100% D2O100% D2O
40.300 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] His_ST-Crl, 50.000 mM Sodium phosphate, 300.000 mM Sodium chloride, 2.0 mM Dithiotreitol, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMHis_ST-Crl-1[U-98% 15N]1
50.0 mMSodium phosphate-21
300.0 mMSodium chloride-31
2.0 mMDithiotreitol-41
0.25 mMHis_ST-Crl-5[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50.0 mMSodium phosphate-62
300.0 mMSodium chloride-72
2.0 mMDithiotreitol-82
0.35 mMHis_ST-Crl-9[U-198% 13C; U-198% 15N]3
50.0 mMSodium phosphate-103
300.0 mMSodium chloride-113
2.0 mMDithiotreitol-123
0.300 mMHis_ST-Crl-13[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]4
50.000 mMSodium phosphate-144
300.000 mMSodium chloride-154
2.0 mMDithiotreitol-164
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.300 8.000 1.000 atm293.000 K
20.300 6.500 1.000 atm293.000 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2CCPNnmr data analysis
CYANA2.2L.A. Systemsnmr structure calculation
NMRPipe1NIDDKD NIHnmr data processing
TALOS-N1NIDDKD NIHdihedral angles
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1607 / NOE intraresidue total count: 437 / NOE long range total count: 527 / NOE medium range total count: 238 / NOE sequential total count: 405 / Protein phi angle constraints total count: 105 / Protein psi angle constraints total count: 112
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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