PDB-2mpq: Solution structure of the sodium channel toxin Hd1a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mpq

タイトル

Solution structure of the sodium channel toxin Hd1a

要素

Hd1a

キーワード

TOXIN (毒素) /

Spider toxin / Disulfide-rich peptide /

Sodium channel (ナトリウムチャネル) /

Knottin /

Inhibitor cystine knot

機能・相同性

Huwentoxin-1 family signature. /

Huwentoxin, conserved site-1 /

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / : /

toxin activity / extracellular region / Mu-theraphotoxin-Hd1a

機能・相同性情報

生物種

Haplopelma doriae (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

Best MobProbity score, model 1

データ登録者

Klint, J.K. / Mobli, M. / King, G.F.

引用

ジャーナル: Br.J.Pharmacol. / 年: 2015
タイトル: Seven novel modulators of the analgesic target NaV 1.7 uncovered using a high-throughput venom-based discovery approach.
著者: Klint, J.K. / Smith, J.J. / Vetter, I. / Rupasinghe, D.B. / Er, S.Y. / Senff, S. / Herzig, V. / Mobli, M. / Lewis, R.J. / Bosmans, F. / King, G.F.

履歴

登録	2014年6月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mpq.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mpq.ent.gz	200 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mpq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/2mpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/2mpq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ryv-d 5t3m-d 6atm-d 1tyk-d 2m9l-d 1j5j-d 1hvo-d 2a2v-d 1niy-d 6atn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19998

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hd1a

3.89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	Best MobProbity score
代表モデル	モデル #1	best mobprobity score

#1: タンパク質・ペプチド	Hd1a 分子量: 3891.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haplopelma doriae (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J9X1W9*PLUS

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	4D HCC(CO)NH

NMR実験の詳細

Text: NOESY MIXING TIME 200ms

-
試料調製

詳細

内容: 20 mM sodium acetate, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Hd1a, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
20 mM	sodium acetate-1		1
0.5 mM	Hd1a-2	[U-98% 13C; U-98% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 20 / pH: 4.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TALOS	+	Cornilescu, Delaglio and Bax	geometry optimization
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	collection
Rowland_NMR_Toolkit	3	Stern, Mobli, Hoch	解析
XEASY		Bartels et al.	データ解析
XEASY		Bartels et al.	chemical shift assignment
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 702 / NOE intraresidue total count: 178 / NOE long range total count: 214 / NOE medium range total count: 142 / NOE sequential total count: 168 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 28 / Protein psi angle constraints total count: 29

代表構造

選択基準: best mobprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Best MobProbity score / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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