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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lq7 | ||||||
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タイトル | E2 binding surface on Uba3 beta-grasp domain undergoes a conformational transition | ||||||
要素 | NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E1 enzyme (ユビキチン活性化酵素) / beta grasp domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / protein modification process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / protein modification process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / タンパク質分解 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Elgin, E.S. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: E2-binding surface on Uba3 beta-grasp domain undergoes a conformational transition. 著者: Elgin, E.S. / Sokmen, N. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Dag, C. / Haas, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lq7.cif.gz | 650.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lq7.ent.gz | 551.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lq7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10658.067 Da / 分子数: 1 / 断片: Interaction with UBE2M core domain residues 368-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA3, UBE1C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009[pREP4] 参照: UniProt: Q8TBC4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Uba3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 127 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1214 / NOE intraresidue total count: 179 / NOE long range total count: 411 / NOE medium range total count: 233 / NOE sequential total count: 391 / Protein phi angle constraints total count: 76 / Protein psi angle constraints total count: 80 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |