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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2li7 | ||||||
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タイトル | Solution Structure of CssII | ||||||
要素 | Beta-mammal toxin Css2 | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / CssII / alfa beta scorpion toxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Centruroides suffusus suffusus (サソリ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing | ||||||
Model details | no violations, model 1 | ||||||
データ登録者 | del Rio-Portilla, F. / Saucedo, A.L. / Corzo, G. / Delepierre, M. / Possani, L.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012 タイトル: Solution structure of native and recombinant expressed toxin CssII from the venom of the scorpion Centruroides suffusus suffusus, and their effects on Nav1.5 Sodium channels. 著者: Saucedo, A.L. / Del Rio-Portilla, F. / Picco, C. / Estrada, G. / Prestipino, G. / Possani, L.D. / Delepierre, M. / Corzo, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2li7.cif.gz | 388.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2li7.ent.gz | 342.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2li7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/2li7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/2li7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7553.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom / 由来: (天然) Centruroides suffusus suffusus (サソリ) / 株: CssII / 参照: UniProt: P08900 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution structure of the CssII, an Cs alfa/beta structure. | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.5 mM H2O, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.5 mM / 構成要素: H2O-1 |
試料状態 | pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian VXRS / 製造業者: Varian / モデル: VXRS / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Amber force field | |||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 828 / NOE intraresidue total count: 411 / NOE long range total count: 252 / NOE medium range total count: 97 / NOE sequential total count: 479 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: no violations | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy and no violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |