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万見
- PDB-2jph: NMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jph
タイトルNMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human plexin-b1
要素Plexin-B1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING (タンパク質) / protein (タンパク質) / ubiquitin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / negative regulation of osteoblast proliferation / inhibitory synapse assembly / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding ...semaphorin receptor binding / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / negative regulation of osteoblast proliferation / inhibitory synapse assembly / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / regulation of cytoskeleton organization / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of axonogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / G alpha (12/13) signalling events / 遊走 / transmembrane signaling receptor activity / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat ...Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Tong, Y. / Buck, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Insights into Oncogenic Mutations of Plexin-B1 Based on the Solution Structure of the Rho GTPase Binding Domain
著者: Tong, Y. / Hota, P.K. / Hamaneh, M.B. / Buck, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: When monomers are preferred: a strategy for the identification and disruption of weakly oligomerized proteins.
著者: Tong, Y. / Hughes, D. / Placanica, L. / Buck, M.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2005
タイトル: 1H, 15N and 13C Resonance assignments and secondary structure determination reveal that the minimal Rac1 GTPase binding domain of plexin-B1 has a ubiquitin fold.
著者: Tong, Y. / Buck, M.
#3: ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: The Semaphorin 4D receptor Plexin-B1 is a GTPase activating protein for R-Ras.
著者: Oinuma, I. / Ishikawa, Y. / Katoh, H. / Negishi, M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The semaphorin receptor plexin-B1 specifically interacts with active Rac in a ligand-dependent manner.
著者: Vikis, H.G. / Li, W. / He, Z. / Guan, K.L.
#5: ジャーナル: CURR.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Plexin-B semaphorin receptors interact directly with active Rac and regulate the actin cytoskeleton by activating Rho.
著者: Driessens, M.H. / Nobes, C.D. / Self, A. / Jordens, I. / Goodman, C.S. / Hall, A.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Binding of Rac1, Rnd1, and RhoD to a novel Rho GTPase interaction motif destabilizes dimerization of the plexin-B1 effector domain
著者: Tong, Y. / Chugha, P. / Hota, P.K. / Alviani, R.S. / Li, M. / Tempel, W. / Shen, L. / Park, H.W. / Buck, M.
履歴
登録2007年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5911
ポリマ－13,5911
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 13590.607 Da / 分子数: 1 / 断片: Sequence database residues 1743-1862 / 変異: W1830F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, SEP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O43157

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90%H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CYANA2.3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Following Nederveen AJ et al., Proteins 2005, 59: 662-672 but in presence of a 10angstrom explicit water shell, final minimization in presence of 4.5 Angstrom explicit water shell
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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