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- PDB-2jlc: Crystal structure of E.coli MenD, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jlc
タイトルCrystal structure of E.coli MenD, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy- 3-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase - native protein
要素2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MENAQUINONE BIOSYNTHESIS / MANGANESE (マンガン) / THIAMINE DIPHOSPHATE COFACTOR / THIAMINE PYROPHOSPHATE (チアミンピロリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / チアミンピロリン酸 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dawson, A. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Specificity and Reactivity in Menaquinone Biosynthesis: The Structure of Escherichia Coli Mend (2-Succinyl-5-Enolpyruvyl-6-Hydroxy-3-Cyclohexadiene-1-Carboxylate Synthase).
著者: Dawson, A. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
B: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6536
ポリマ－127,6932
非ポリマー9614
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-71.8 kcal/mol
Surface area38550 Å2
手法PISA
2
A: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
B: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
B: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,30612
ポリマ－255,3854
非ポリマー1,9218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area25270 Å2
ΔGint-159.3 kcal/mol
Surface area69600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.425, 93.425, 465.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2033-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE / 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE / MENAQUINONE ...2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE / MENAQUINONE BIOSYNTHESIS PROTEIN MEND


分子量: 63846.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET15BTEV_ECMEND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE INCLUDES N-TERMINAL HIS TAG AND TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.6, 8 % ISO-PROPANOL AND 14 % PEG 6K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→92.8 Å / Num. obs: 42932 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JLA

2jla


解像度: 2.5→92.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 10.275 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.735 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2139 5.03 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.211 42928 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.019 Å21.01 Å20 Å2
2--2.019 Å20 Å2
3----3.029 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→92.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8649 0 54 246 8949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.95312208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.75451113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40823.578408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.705151419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1791572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.24394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.25964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5931.55690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03128904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49433742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3074.53299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 11.1→92.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.439 31
Rwork0.366 623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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