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- PDB-2jgb: Structure of human eIF4E homologous protein 4EHP with m7GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jgb
タイトルStructure of human eIF4E homologous protein 4EHP with m7GTP
要素
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TYPE 2
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / INITIATION FACTOR / 4EHP / EIF4E (EIF4E) / RNA-BINDING / ACETYLATION (アセチル化) / CAP-BINDING / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR (真核生物の翻訳開始因子) / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / PROTEIN BIOSYNTHESIS (タンパク質生合成) / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / MTOR ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / MTOR / mTORC1-mediated signalling / rescue of stalled ribosome / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / ISG15 antiviral mechanism / negative regulation of translation / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E type 2 / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cameron, A.D. / Rosettani, P. / Knapp, S. / Vismara, M.G. / Rusconi, L.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of the human eIF4E homologous protein, h4EHP, in its m7GTP-bound and unliganded forms.
著者: Rosettani, P. / Knapp, S. / Vismara, M.G. / Rusconi, L. / Cameron, A.D.
履歴
登録2007年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TYPE 2
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1843
ポリマ－24,6442
非ポリマー5391
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.499, 49.299, 103.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E TYPE 2 / EIF4E TYPE 2 / EIF-4E TYPE 2 / MRNA CAP-BINDING PROTEIN TYPE 3 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION ...EIF4E TYPE 2 / EIF-4E TYPE 2 / MRNA CAP-BINDING PROTEIN TYPE 3 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-LIKE 3 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E HOMOLOGOUS PROTEIN / MRNA CAP-BINDING PROTEIN 4EHP / EIF4E-LIKE PROTEIN 4E-LP / EUKARYOTIC INITITIATION FACTOR 4E HOMOLOGOUS PROTEIN


分子量: 22499.787 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 45-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60573
#2: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1 / 4E-BP1 / EIF4E-BINDING PROTEIN 1 / PHOSPHORYLATED HEAT- AND ACID-STABLE PROTEIN REGULATED BY ...4E-BP1 / EIF4E-BINDING PROTEIN 1 / PHOSPHORYLATED HEAT- AND ACID-STABLE PROTEIN REGULATED BY INSULIN 1 / PHAS-I / EIF4E BINDING PROTEIN


分子量: 2144.564 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 50-66 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE INITIAL GPLHM HAS BEEN INTRODUCED DURING THE CLONING. RESIDUES 44 TO 234 RESIDUES 51 TO 67

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 20% PEG-3000, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5 WITH 1MM M7GTP IN THE DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 111967 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IPB

1ipb


解像度: 1.7→51.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.315 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 225 TO 227 OF THE PROTEIN CANNOT BE OBSERVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1262 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 23859 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1665 0 33 193 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.9662363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9915200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.42522.61984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5041517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1531.51047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69721640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4923826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9794.5723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.356 102
Rwork0.309 1692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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