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万見
- PDB-2icc: Extracellular Domain of CRIg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2icc
タイトルExtracellular Domain of CRIg
要素V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Alternative Pathway / Complement Receptor / Ig like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, alternative pathway / negative regulation of macrophage activation / complement component C3b binding / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell proliferation / protein-containing complex / 生体膜
類似検索 - 分子機能
VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 ...VSIG4, immunoglobulin variable (IgV)-like domain / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of C3b in complex with CRIg gives insights into regulation of complement activation.
著者: Wiesmann, C. / Katschke, K.J. / Yin, J. / Helmy, K.Y. / Steffek, M. / Fairbrother, W.J. / McCallum, S.A. / Embuscado, L. / DeForge, L. / Hass, P.E. / van Lookeren Campagne, M.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5011
ポリマ－13,5011
非ポリマー00
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.257, 50.757, 61.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Protein Z39Ig


分子量: 13501.173 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain of CRIG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y279
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.761057 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.1556 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. all: 39631 / Num. obs: 36270 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Num. unique all: 1949 / Χ2: 1.264 / % possible all: 50.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: murine CRIg

解像度: 1.2→39.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.067 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 1511 5 %RANDOM
Rwork0.134 ---
all0.135 30901 --
obs0.135 30315 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 0 0 193 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022973
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.9571327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83232029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4125118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31224.34846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00515165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.455157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0650.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4072.5771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3912.5241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0365974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0482.5438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.695353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.16532222
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.2393193
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.04431818
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.225 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 92 -
Rwork0.138 1544 -
obs-1636 91.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.6877 Å / Origin y: 15.6616 Å / Origin z: 22.1144 Å
111213212223313233
T-0.0163 Å20.0063 Å2-0.0065 Å2-0.0002 Å2-0.0035 Å2---0.0105 Å2
L0.3453 °20.0188 °2-0.0105 °2-0.6758 °2-0.2229 °2--0.4458 °2
S0.005 Å °0.0229 Å °0.0185 Å °-0.0016 Å °-0.0117 Å °0.0126 Å °-0.0175 Å °0.0054 Å °0.0067 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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