PDB-2i2x: Crystal structure of methanol:cobalamin methyltransferase complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i2x

タイトル

Crystal structure of methanol:cobalamin methyltransferase complex MtaBC from Methanosarcina barkeri

要素

(Methyltransferase ...

メチルトランスフェラーゼ) x 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / TIM barrel and helix bundle (MtaB) / Rossman fold and helix bundle (MtaC)

機能・相同性

機能・相同性情報

methanol-corrinoid protein Co-methyltransferase /

methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide Co-methyltransferase activity /

メタン生成経路 /

cobalamin binding / cobalt ion binding /

メチル化 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina barkeri (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hagemeier, C.H. / Kruer, M. / Thauer, R.K. / Warkentin, E. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Insight into the mechanism of biological methanol activation based on the crystal structure of the methanol-cobalamin methyltransferase complex
著者: Hagemeier, C.H. / Krer, M. / Thauer, R.K. / Warkentin, E. / Ermler, U.

履歴

登録	2006年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i2x.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i2x.ent.gz	904.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1a9x-2 7jw4-1 6w2j-1 3a0r-1 5u1c-d 7lmc-d 3pgb-1 20452 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase 1

B: Methyltransferase 1

C: Methyltransferase 1

D: Methyltransferase 1

E: Methyltransferase 1

F: Methyltransferase 1

G: Methyltransferase 1

H: Methyltransferase 1

I: Methyltransferase 1

J: Methyltransferase 1

K: Methyltransferase 1

L: Methyltransferase 1

M: Methyltransferase 1

N: Methyltransferase 1

O: Methyltransferase 1

P: Methyltransferase 1

ヘテロ分子

642 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase 1

B: Methyltransferase 1

C: Methyltransferase 1

D: Methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Methyltransferase 1

F: Methyltransferase 1

G: Methyltransferase 1

H: Methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Methyltransferase 1

J: Methyltransferase 1

K: Methyltransferase 1

L: Methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Methyltransferase 1

N: Methyltransferase 1

O: Methyltransferase 1

P: Methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.750, 172.850, 190.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	3 - 461	3 - 461
2	1	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	3 - 461	3 - 461
3	1	ALA	ALA	PHE	PHE	E	E	3 - 461	3 - 461
4	1	ALA	ALA	PHE	PHE	G	G	3 - 461	3 - 461
5	1	ALA	ALA	PHE	PHE	I	I	3 - 461	3 - 461
6	1	ALA	ALA	PHE	PHE	K	K	3 - 461	3 - 461
7	1	ALA	ALA	PHE	PHE	M	M	3 - 461	3 - 461
8	1	ALA	ALA	PHE	PHE	O	O	3 - 461	3 - 461
1	2	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 120	1 - 120
2	2	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 120	1 - 120
3	2	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 120	1 - 120
4	2	MET	MET	PRO	PRO	H	H	1 - 120	1 - 120
5	2	MET	MET	PRO	PRO	J	J	1 - 120	1 - 120
6	2	MET	MET	PRO	PRO	L	L	1 - 120	1 - 120
7	2	MET	MET	PRO	PRO	N	N	1 - 120	1 - 120
8	2	MET	MET	PRO	PRO	P	P	1 - 120	1 - 120
1	3	LYS	LYS	HIS	HIS	B	B	123 - 258	123 - 258
2	3	LYS	LYS	HIS	HIS	D	D	123 - 258	123 - 258
3	3	LYS	LYS	HIS	HIS	F	F	123 - 258	123 - 258
4	3	LYS	LYS	HIS	HIS	H	H	123 - 258	123 - 258
5	3	LYS	LYS	HIS	HIS	J	J	123 - 258	123 - 258
6	3	LYS	LYS	HIS	HIS	L	L	123 - 258	123 - 258
7	3	LYS	LYS	HIS	HIS	N	N	123 - 258	123 - 258
8	3	LYS	LYS	HIS	HIS	P	P	123 - 258	123 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
Methyltransferase ... , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質	Methyltransferase 1 / メチルトランスフェラーゼ / MtaB 分子量: 50846.785 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: Fuaro (DSM 804) 参照: UniProt: P94921, UniProt: Q46EH3*PLUS, methanol-corrinoid protein Co-methyltransferase
#2: タンパク質	Methyltransferase 1 / メチルトランスフェラーゼ / MtaC 分子量: 27882.867 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: Fuaro (DSM 804) 参照: UniProt: P94920, UniProt: Q46EH4*PLUS, methanol-corrinoid protein Co-methyltransferase

-
非ポリマー , 4種, 974分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-B13 / 5-HYDROXYBENZIMIDAZOLYLCOB(III)AMIDE 分子量: 1321.326 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₀H₈₈CoN₁₃O₁₅P
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.05 M ammonium sulphate, 17% polyethyleneglycol, 15% glycerole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.9393
シンクロトロン	MPG/DESY, HAMBURG	BW6	2	1.2824

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2003年12月9日	mirrors
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2003年9月15日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9393	1
2	1.2824	1

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 218403 / Num. obs: 218403 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 31920 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 17.967 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23146	10921	5 %	RANDOM
R_work	0.18179	-	-	-
all	0.18426	207482	-	-
obs	0.18426	207482	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0 Å²	1.12 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	43880	0	740	946	45566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	45414
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.994	61616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.755	5	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.893	25.514	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.556	15	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.059	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	34136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	23549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	31481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.282	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.549	1.5	28408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	2	45488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.575	3	17262
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.57	4.5	16128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	3534	loose positional	0.18	5
1	2	A	3534	loose positional	0.2	5
1	3	E	3534	loose positional	0.27	5
1	4	G	3534	loose positional	0.22	5
1	5	I	3534	loose positional	0.19	5
1	6	K	3534	loose positional	0.19	5
1	7	M	3534	loose positional	0.17	5
1	8	O	3534	loose positional	0.21	5
2	1	B	918	loose positional	0.34	5
2	2	D	918	loose positional	0.33	5
2	3	F	918	loose positional	0.4	5
2	4	H	918	loose positional	0.39	5
2	5	J	918	loose positional	0.33	5
2	6	L	918	loose positional	0.3	5
2	7	N	918	loose positional	0.4	5
2	8	P	918	loose positional	0.34	5
3	1	B	1017	loose positional	0.35	5
3	2	D	1017	loose positional	0.33	5
3	3	F	1017	loose positional	0.35	5
3	4	H	1017	loose positional	0.39	5
3	5	J	1017	loose positional	0.37	5
3	6	L	1017	loose positional	0.32	5
3	7	N	1017	loose positional	0.44	5
3	8	P	1017	loose positional	0.38	5
1	1	C	3534	loose thermal	9.66	10
1	2	A	3534	loose thermal	9.08	10
1	3	E	3534	loose thermal	12.73	10
1	4	G	3534	loose thermal	8.91	10
1	5	I	3534	loose thermal	2.46	10
1	6	K	3534	loose thermal	2.46	10
1	7	M	3534	loose thermal	2.39	10
1	8	O	3534	loose thermal	3.46	10
2	1	B	918	loose thermal	5.06	10
2	2	D	918	loose thermal	6.11	10
2	3	F	918	loose thermal	4.45	10
2	4	H	918	loose thermal	8.49	10
2	5	J	918	loose thermal	2.65	10
2	6	L	918	loose thermal	1.93	10
2	7	N	918	loose thermal	2.61	10
2	8	P	918	loose thermal	2.14	10
3	1	B	1017	loose thermal	4.59	10
3	2	D	1017	loose thermal	3.04	10
3	3	F	1017	loose thermal	4.07	10
3	4	H	1017	loose thermal	4.51	10
3	5	J	1017	loose thermal	7.1	10
3	6	L	1017	loose thermal	3	10
3	7	N	1017	loose thermal	5.13	10
3	8	P	1017	loose thermal	4.43	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.572 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	764	-
R_work	0.266	14469	-
obs	-	14469	94.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1343	-0.024	-0.0154	0.0961	0.027	0.1055	-0.0132	-0.0149	0.004	0.0221	-0.0054	-0.0323	-0.0037	0.0172	0.0187	-0.0847	-0.0002	-0.0202	0.0119	0.0025	0.0164	37.0873	111.2395	52.7431
2	0.7931	0.6164	-0.5628	0.5225	-0.1938	1.7663	0.0131	0.0058	-0.3993	-0.069	0.0779	0.3325	-0.4491	0.5213	-0.091	-0.0215	-0.1651	0.0342	0.1587	0.0353	-0.2173	50.0046	122.5566	21.4921
3	2.0706	1.4122	-0.636	0.9641	-0.4342	0.1956	-0.5496	0.3174	0.2252	-0.1282	0.6774	0.233	0.1743	-0.0662	-0.1278	-0.086	-0.2096	-0.0557	-0.1173	0.1229	-0.0759	36.4596	140.6605	36.4475
4	0.1934	0.0499	-0.008	0.1065	-0.0017	0.0861	-0.0123	0.0013	0.0042	-0.0197	-0.0098	0.0168	-0.0022	-0.0179	0.0221	-0.0812	0.0156	-0.0152	0.0052	0.0107	0.0108	-0.6098	109.8579	39.7743
5	1.4331	-0.7991	-0.429	0.4476	0.2793	0.9239	-0.0785	-0.282	-0.1809	0.0613	0.0387	-0.3606	-0.0808	-0.2662	0.0398	-0.121	0.0668	0.0115	0.1269	-0.068	-0.1767	-14.918	115.7507	71.9216
6	6.7487	-4.2928	-1.4745	2.7306	0.9379	0.3222	-0.2633	-0.8093	0.8052	0.0234	0.553	-0.5132	-0.2972	0.208	-0.2897	0.0061	0.144	0.0094	-0.0286	-0.1686	-0.0281	-3.3684	136.6754	59.7693
7	0.7943	-0.4223	0.0523	0.5337	-0.3121	0.5388	0.1156	-0.2131	-0.0694	0.4879	-0.0812	0.0548	-0.1079	0.1219	-0.0344	0.4302	-0.1524	0.0561	-0.0164	0.0072	-0.1468	9.9897	30.0809	70.1909
8	2.0813	2.1395	-1.5951	2.515	-1.4428	1.3453	-0.1729	0.1749	0.1434	-0.0171	-0.0274	-0.2704	-0.1976	-0.0613	0.2002	-0.049	-0.0274	0.1832	-0.0576	0.0348	-0.0594	-23.6605	18.2716	66.3816
9	3.126	3.0884	-2.6182	5.7817	-2.7224	2.1996	-0.2304	0.4966	-0.5955	0.3268	-0.0433	-0.6757	-0.0654	-0.2041	0.2737	-0.0014	-0.0388	0.0096	-0.0014	0.0402	0.0022	-3.8775	0.3417	63.0586
10	0.5601	0.0077	0.0992	0.9012	-0.2834	0.302	0.2713	0.1164	0.0191	-0.0163	-0.2448	-0.0363	0.1668	0.1976	-0.0265	0.1352	0.1224	0.0263	-0.0276	-0.0025	-0.0932	17.1381	29.9472	30.9486
11	5.5007	-3.0712	-2.3806	3.3934	1.7741	1.1482	0.0107	-0.0635	-0.3058	-0.0305	-0.032	-0.2177	-0.267	0.1939	0.0213	0.0224	-0.0182	-0.0417	0.0268	0.1091	0.0268	52.3449	24.8283	34.2531
12	2.8678	-3.7906	-1.4722	6.6881	2.9594	1.368	0.1931	-0.2799	0.0598	-0.0979	-0.0281	-0.3612	-0.0513	0.1417	-0.165	0.0001	0.0003	0	0	0	0	36.566	3.7266	39.0448
13	0.2186	-0.0887	-0.2316	0.3273	-0.0532	0.3196	-0.037	0.0803	0.0117	0.1213	0.0782	-0.005	-0.0352	-0.0768	-0.0412	-0.0254	0.0379	-0.014	-0.0082	0.0426	-0.0327	34.4679	83.6245	84.0812
14	0.7404	-0.0222	-1.2853	0.0007	0.0385	2.2311	-0.0923	0.2285	-0.1645	-0.0675	0.0045	0.1793	0.1768	-0.0319	0.0878	-0.0821	-0.0047	0.1314	-0.0728	0.1045	-0.0202	14.085	63.8661	105.7495
15	0.0002	-0.0019	-0.0038	0.0225	0.0455	0.0921	-0.0185	0.0442	0.0756	0.0999	0.1441	0.0746	-0.8595	0.3054	-0.1256	-0.0303	0.1175	0.0512	-0.0363	0.1369	-0.0269	39.2828	67.9565	113.2601
16	0.2854	-0.1477	-0.2533	0.2258	0.0107	0.3219	-0.12	0.0258	-0.056	0.0309	0.0366	-0.0028	0.0988	-0.0451	0.0834	0.0062	-0.0094	0.028	-0.052	0.0193	-0.0175	55.5068	52.6575	70.3388
17	2.5428	0.003	-0.1395	0.7596	-0.1519	0.038	0.0649	-0.1443	0.0344	-0.0511	-0.0848	-0.4425	-0.0694	-0.2179	0.0199	-0.1104	-0.0288	-0.0123	-0.1639	0.0216	0.2011	84.4883	72.0542	63.0613
18	6.3406	-1.725	0.6304	0.5433	-0.2226	0.098	0.1231	-0.3508	0.8187	0.4646	-0.1346	-0.1879	0.122	0.0966	0.0115	-0.0003	0.0187	-0.1098	0.0059	0.0167	0.0051	79.6544	66.6737	89.0873
19	0.2069	0.0859	-0.2009	0.19	-0.0696	0.3591	-0.1017	0.0241	-0.0291	-0.0833	0.0697	0.0064	0.1338	-0.0481	0.032	0.039	-0.0657	0.0226	-0.0508	-0.0299	-0.0209	-15.9458	53.3925	18.8631
20	3.2184	-0.1947	-0.0502	0.9239	0.3953	0.2454	-0.0047	0.1736	-0.0262	0.0026	-0.1473	0.3758	-0.0466	-0.1827	0.152	-0.0988	-0.0086	-0.0143	0.1097	-0.0198	0.0424	-45.4701	71.6415	27.3402
21	10.7539	2.4684	3.5044	2.8638	1.5026	3.0568	0.0374	0.547	0.9785	-0.4548	-0.3045	0.2542	-0.1985	-0.2577	0.2671	0	-0.0002	0	0	-0.0003	-0.0001	-40.8578	67.32	1.0955
22	0.1225	0.0343	-0.0887	0.2075	-0.007	0.247	-0.0499	-0.008	-0.0022	-0.0955	0.0606	-0.0274	0.0241	-0.0144	-0.0107	-0.0153	-0.0236	0.009	-0.0106	-0.0035	-0.0361	3.9745	85.4486	5.9441
23	0.7112	-0.1113	-0.9812	0.0391	-0.0815	3.8923	0.1452	0.0983	-0.0966	0.2217	-0.1756	-0.12	-0.0426	0.0026	0.0304	-0.0475	0.0987	0.1509	-0.0851	-0.0791	-0.0454	23.7785	67.029	-17.1779
24	0.1413	0.0708	-0.6893	0.4089	0.5637	5.5742	-0.0944	-0.716	0.3354	-0.0169	-0.2032	0.1507	-0.3471	1.0692	0.2976	-0.0865	0.0294	-0.0282	-0.3041	0.132	-0.252	-1.831	71.2566	-24.0804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 461
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	121 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	3 - 461
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	121 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	3 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	1 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	121 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	3 - 461
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	1 - 120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	121 - 258
13	X-RAY DIFFRACTION	13	I	3 - 461
14	X-RAY DIFFRACTION	14	J	1 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	J	121 - 258
16	X-RAY DIFFRACTION	16	K	3 - 461
17	X-RAY DIFFRACTION	17	L	1 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	L	121 - 258
19	X-RAY DIFFRACTION	19	M	3 - 461
20	X-RAY DIFFRACTION	20	N	1 - 120
21	X-RAY DIFFRACTION	21	N	121 - 258
22	X-RAY DIFFRACTION	22	O	3 - 461
23	X-RAY DIFFRACTION	23	P	1 - 120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	P	121 - 258

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Methyltransferase ... , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

-
非ポリマー , 4種, 974分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Methyltransferase ... , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

-非ポリマー , 4種, 974分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Methyltransferase ... , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

-
非ポリマー , 4種, 974分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)