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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i2s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the porcine CRW-8 rotavirus VP8* carbohydrate-recognising domain | ||||||
要素 | Outer capsid protein VP4 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / beta-sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Porcine rotavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Blanchard, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Insight into Host Cell Carbohydrate-recognition by Human and Porcine Rotavirus from Crystal Structures of the Virion Spike Associated Carbohydrate-binding Domain (VP8*) 著者: Blanchard, H. / Yu, X. / Coulson, B.S. / von Itzstein, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the sialic acid-binding domain (VP8*) of porcine rotavirus strain CRW-8 著者: Scott, S.A. / Holloway, G. / Coulson, B.S. / Szyczew, A.J. / Kiefel, M.J. / von Itzstein, M. / Blanchard, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i2s.cif.gz | 89.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i2s.ent.gz | 67.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer of VP8* which forms part of the rotavirus spike protein (VP4). The spike protein is considered to be formed of a dimer (though some evidence suggests a trimer) of VP4. The crystallographic asymmetric unit contains two molecules of VP8*. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18449.479 Da / 分子数: 2 / 断片: VP8* domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus C / 株: strain CRW-8 / プラスミド: pGex-VP8*(64-224) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: P11114, UniProt: P0C6Y8*PLUS #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 371分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 70% MPD, 0.1M HEPES pH 7.5, methyl-alpha-D-N-acetylneuraminide , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→55.9 Å / Num. obs: 17704 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Homology model based on the structure of Rhesus rotavirus VP8* 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 5.307 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.243 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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