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- PDB-2hwe: A COMPARISON OF THE ANTI-RHINOVIRAL DRUG BINDING POCKET IN HRV14 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hwe
タイトルA COMPARISON OF THE ANTI-RHINOVIRAL DRUG BINDING POCKET IN HRV14 AND HRV1A
要素
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
  • HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS (ウイルス) / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W54 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kim, K.H. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: A comparison of the anti-rhinoviral drug binding pocket in HRV14 and HRV1A.
著者: Kim, K.H. / Willingmann, P. / Gong, Z.X. / Kremer, M.J. / Chapman, M.S. / Minor, I. / Oliveira, M.A. / Rossmann, M.G. / Andries, K. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / McKinlay, M.A. / Pevear, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Human Rhinovirus 14 Complexed with Antiviral Compound R 61837
著者: Chapman, M.S. / Minor, I. / Rossmann, M.G. / Diana, G.D. / Andries, K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Human Rhinovirus Serotype 1A (Hrv1A)
著者: Kim, S. / Smith, T.J. / Chapman, M.S. / Rossmann, M.G. / Pevear, D.C. / Dutko, F.J. / Felock, P.J. / Diana, G.D. / Mckinlay, M.A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Structural Analysis of a Series of Antiviral Agents Complexed with Human Rhinovirus 14
著者: Badger, J. / Minor, I. / Kremer, M.J. / Oliveira, M.A. / Smith, T.J. / Griffith, J.P. / Guerin, D.M.A. / Krishnaswamy, S. / Luo, M. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Dutko, F. ...著者: Badger, J. / Minor, I. / Kremer, M.J. / Oliveira, M.A. / Smith, T.J. / Griffith, J.P. / Guerin, D.M.A. / Krishnaswamy, S. / Luo, M. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Dutko, F.J. / Fancher, M. / Rueckert, R.R. / Heinz, B.A.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating
著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses
著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G.
履歴
登録1994年1月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月7日Group: Source and taxonomy
改定 2.02023年2月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年3月15日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_remark

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8705
ポリマ－92,4864
非ポリマー3831
水0
1
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,572,172300
ポリマ－5,549,176240
非ポリマー22,99660
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 464 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,34825
ポリマ－462,43120
非ポリマー1,9165
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 557 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,21730
ポリマ－554,91824
非ポリマー2,3006
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
2: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
3: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
4: HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
ヘテロ分子
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 929 kDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)928,69550
ポリマ－924,86340
非ポリマー3,83310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)341.300, 341.300, 465.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Atom site foot note1: LYS 1 98 - TRP 1 99 OMEGA = 216.55 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: PRO 1 150 - GLY 1 151 OMEGA = 251.74 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO 3 93 / 4: CIS PROLINE - PRO 3 235
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56363135, -0.75576154, 0.33338397), (0.75581305, 0.30901668, -0.57728236), (0.33326614, 0.57735015, 0.74538593)110.09668, 6.33845, -84.09901
3generate(-0.14242854, -0.46703455, 0.87269318), (0.46717012, -0.80901718, -0.35671208), (0.87261991, 0.35688978, 0.33341172)139.323, 140.05852, -106.43423
4generate(-0.14242891, 0.46717008, 0.87262064), (-0.46703407, -0.80901679, 0.3568902), (0.87269274, -0.35671236, 0.33341172)47.28918, 216.36362, -36.13915
5generate(0.56363075, 0.7558133, 0.33326659), (-0.75576107, 0.30901731, 0.57735039), (0.33338398, -0.57728238, 0.74538593)-38.81717, 129.8027, 29.64083
6generate(0.16673337, 0.64541332, -0.74541405), (-0.64552899, -0.49999974, -0.57731465), (-0.74531312, 0.57744419, 0.33326637)165.42984, 325.18945, 147.95292
7generate(0.3333667, -0.35693209, -0.87262064), (-0.93414613, 4.502E-5, -0.3568902), (0.1274244, 0.93413027, -0.33341172)250.56614, 299.50122, 41.52915
8generate(-0.37269292, -0.86605136, -0.33324944), (-0.64541945, 0.49995502, -0.57747627), (0.6667334, -0.00013592, -0.74529608)358.39285, 226.66923, 89.51868
9generate(-0.97569509, -0.17835896, 0.12730688), (-0.1783594, 0.30887163, -0.93423039), (0.12730717, -0.93423027, -0.33317653)339.89712, 207.34481, 225.60162
10generate(-0.64231131, 0.75577758, -0.12742485), (-0.1784271, -0.30913439, -0.9341305), (-0.74538556, -0.57726613, 0.33341172)220.63943, 268.23366, 261.71597

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要素

#1: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)


分子量: 32610.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#2: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)


分子量: 29114.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#3: タンパク質 HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)


分子量: 26176.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#4: タンパク質・ペプチド HUMAN RHINOVIRUS 1A COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)


分子量: 4583.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus 1A (ライノウイルス)
細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23008
#5: 化合物 ChemComp-W54 / 5-(5-(2,6-DICHLORO-4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLY)PHENOXY)PENTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE / WIN54954 / Win-54954


分子量: 383.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20Cl2N2O3
非ポリマーの詳細WIN54954 IS 5-(5-(2,6-DICHLORO-4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL) PHENOXY)PENTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: referred to 'Arnold,E.', (1984) J. Mol. Biol., 177, 417-430
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlvirus1drop
20.125 %(w/v)PEG80001drop
30.01 M1dropCaCl2
40.01 MTris-HCl1drop
50.25 %(w/v)PEG80001reservoir
60.02 M1reservoirCaCl2
70.01 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.6 Å / Num. obs: 37153 / 冗長度: 1.35 % / Rmerge(I) obs: 0.119

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解析

精密化最高解像度: 3.8 Å
詳細: THIS STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 1A COMPLEXED WITH A DRUG HAS NOT BEEN REFINED. RESIDUES CLOSE TO THE DRUG HAVE BEEN MODELED DIFFERENTLY THAN IN THE NATIVE STRUCTURE DUE TO VARIOUS ...詳細: THIS STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 1A COMPLEXED WITH A DRUG HAS NOT BEEN REFINED. RESIDUES CLOSE TO THE DRUG HAVE BEEN MODELED DIFFERENTLY THAN IN THE NATIVE STRUCTURE DUE TO VARIOUS CONFORMATIONAL CHANGES THAT OCCURRED UPON THE DRUG ENTRY. OTHER RESIDUES HAVE BEEN LEFT AT THE SAME POSITION AS IN THE NATIVE STRUCTURE.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6223 0 25 0 6248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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