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万見
- PDB-2hrb: Crystal Structure of human Carbonyl Reductase 3, complexed with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hrb
タイトルCrystal Structure of human Carbonyl Reductase 3, complexed with NADP+
要素Carbonyl reductase [NADPH] 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Retinol / dehydrogenase (脱水素酵素) / peroxisome (ペルオキシソーム) / structural genomics (構造ゲノミクス) / short-chain dehydrogenase/reductase / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phylloquinone catabolic process / 3-keto sterol reductase activity / カルボニルレダクターゼ (NADPH) / carbonyl reductase (NADPH) activity / Phase I - Functionalization of compounds / NADPH binding / xenobiotic metabolic process / 認識 / extracellular space / 核質 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Carbonyl reductase [NADPH] 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pilka, E.S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of human Carbonyl Reductase 3, complexed with NADP+
著者: Pilka, E.S. / Rojkova, A. / Kavanagh, K.L. / Niesen, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月18日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonyl reductase [NADPH] 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5595
ポリマ－30,5391
非ポリマー1,0204
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.356, 60.140, 88.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbonyl reductase [NADPH] 3 / NADPH-dependent carbonyl reductase 3


分子量: 30538.818 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 4-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-R3
参照: UniProt: O75828, カルボニルレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M tri-ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月19日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.673 Å / Num. all: 24260 / Num. obs: 24038 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3417 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WMA

1wma


解像度: 1.9→30.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.976 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.156
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1205 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.213 24260 --
obs0.215 24038 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 66 253 2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6462.0043060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7435280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91623.846104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87815395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21523
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41522222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.653930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3444.5834
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 79 -
Rwork0.349 1639 -
obs-3417 96.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0805 Å / Origin y: 12.5816 Å / Origin z: 13.5933 Å
111213212223313233
T-0.0386 Å2-0.0044 Å20.0125 Å2--0.0471 Å20.0068 Å2---0.0631 Å2
L1.0999 °2-0.317 °20.054 °2-0.7522 °20.0564 °2--0.3845 °2
S-0.0109 Å °0.001 Å °-0.004 Å °-0.0178 Å °0.0065 Å °-0.052 Å °-0.0104 Å °0.0244 Å °0.0044 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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