PDB-2hjh: Crystal Structure of the Sir2 deacetylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hjh

タイトル

Crystal Structure of the Sir2 deacetylase

要素

NAD-dependent histone deacetylase SIR2

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

protein (タンパク質) /

sirtuin (サーチュイン遺伝子) / acetyl-adp-ribose /

nicotinamide (ニコチンアミド)

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA amplification / RENT complex / regulation of DNA stability / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / establishment of protein-containing complex localization to telomere / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / telomere tethering at nuclear periphery / negative regulation of DNA recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hall, B.E. / Ellenberger, T.E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Autoregulation of the yeast Sir2 deacetylase by reaction and trapping of a pseudosubstrate motif in the active site
著者: Hall, B.E. / Buchberger, J.R. / Gerber, S.A. / Ambrosio, A.L.B. / Gygi, S.P. / Filman, D. / Moazed, D. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2006年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hjh.cif.gz	154.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hjh.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hjh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/2hjh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6npk-d 4kqv-d 4hxz-d 4j0m-1 6a9f-d 6pzt-d 4cug-d 5klp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (11) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent histone deacetylase SIR2

B: NAD-dependent histone deacetylase SIR2

ヘテロ分子

83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.353, 89.566, 94.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD-dependent histone deacetylase SIR2 / Regulatory protein SIR2 / Silent information regulator 2 分子量: 40699.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SIR2, MAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P06700, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-XYQ / (2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL ACETATE / ACETYL-RIBOSYL-ADP 分子量: 601.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₅O₁₅P₂
#4: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 6000, 100mM TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 12.6 / 数: 586119 / R_merge(I) obs: 0.049 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 139309 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.99	50	98	1	0.03	1.041	4.2
3.16	3.99	100	1	0.042	0.945	4.3
2.76	3.16	100	1	0.044	1.07	4.4
2.51	2.76	100	1	0.06	1.058	4.3
2.33	2.51	100	1	0.081	1.02	4.4
2.19	2.33	100	1	0.11	1.034	4.4
2.08	2.19	100	1	0.156	1.033	4.3
1.99	2.08	100	1	0.24	1.069	4.3
1.92	1.99	99.9	1	0.356	1.056	4.2
1.85	1.92	90.1	1	0.432	1.046	3.2

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 139309 / Num. obs: 71108 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Χ²: 1.037 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.432 / Num. unique all: 12698 / Χ²: 1.046 / % possible all: 90.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	30.497	0.43	1	0.176	0.546
2	Se	31.496	0.352	0.168	0.081	0.531
3	Se	30.028	0.519	0.016	0.28	0.464
4	Se	34.97	0.464	0.136	0.059	0.496
5	Se	31.209	0.53	0.133	0.084	0.428
6	Se	51.742	0.641	0.237	0.401	0.559
7	Se	33.204	0.185	0.237	0.128	0.331
8	Se	45.22	0.623	0.518	0.052	0.426
9	Se	40.583	0.825	0.828	0.17	0.387
10	Se	41.185	0.234	0.947	0.19	0.319
11	Se	60	0.511	0.198	0.423	0.535
12	Se	41.782	0.15	0.841	0.322	0.297
13	Se	29.589	0.725	0.967	0.277	0.218
14	Se	60	0.809	0.321	0.355	0.516
15	Se	40.094	0.521	0.07	0.495	0.186

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.54 / 反射: 68895 / Reflection acentric: 66994 / Reflection centric: 1901

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.3-36.597	0.94	0.95	0.8	3018	2785	233
3.3-5.3	0.94	0.94	0.81	9587	9176	411
2.6-3.3	0.82	0.83	0.71	11956	11591	365
2.3-2.6	0.65	0.65	0.42	12019	11702	317
2-2.3	0.4	0.41	0.24	21003	20578	425
1.9-2	0.18	0.18	0.11	11312	11162	150

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.062 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	3497	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
all	0.173	69079	-	-
obs	-	69079	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.546 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0.85 Å²
2-	-	-1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5129	0	96	517	5742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.98	7288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	3	11342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.037	5	647
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	5674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.1	0.2	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.3	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.316	1.5	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.161	2	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.784	3	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.027	4.5	1993

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.302	199
R_work	0.259	3671
obs	-	3870

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8756	0.1231	0.0132	1.5274	-0.3577	1.2162	0.0229	-0.0119	0.0398	0.0623	0.0445	0.1437	-0.0322	-0.1503	-0.0674	0.0662	0.0174	-0.0132	0.0679	0.0052	0.0107	-10.6057	26.1692	91.2654
2	1.0462	0.3532	-0.0739	1.3739	-0.4492	1.6966	-0.0065	-0.0394	-0.1625	0.0603	-0.0091	-0.1958	-0.0293	0.2191	0.0157	0.0749	0.0186	-0.0138	0.0591	-0.0007	0.037	14.7081	43.2567	81.619
3	1.7651	-0.0493	-0.1795	2.8723	0.7727	1.8151	-0.0585	0.1425	-0.3255	-0.1992	0.0378	-0.2326	0.0153	0.1533	0.0207	0.0088	-0.0198	0.0132	0.0831	-0.0822	0.0987	-25.1198	29.995	45.922
4	3.8758	0.4144	-0.7406	0.8221	0.4558	2.4049	0.1149	0.231	0.303	-0.1485	0.0495	0.197	-0.1836	-0.2226	-0.1644	0.0811	0.0106	-0.0244	0.0632	0.0114	0.0826	-49.9201	45.7413	57.1779

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	216 - 225	8 - 17
2	1	A	A	231 - 276	23 - 68
3	1	A	A	320 - 363	112 - 155
4	1	A	A	448 - 556	240 - 348
5	2	A	A	296 - 319	88 - 111
6	2	A	A	364 - 408	156 - 200
7	2	A	A	426 - 447	218 - 239
8	3	B	B	216 - 225	8 - 17
9	3	B	B	231 - 270	23 - 62
10	3	B	B	320 - 363	112 - 155
11	3	B	B	448 - 555	240 - 347
12	4	B	B	294 - 319	86 - 111
13	4	B	B	364 - 407	156 - 199
14	4	B	B	424 - 447	216 - 239

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