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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hhd | ||||||
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タイトル | OXYGEN AFFINITY MODULATION BY THE N-TERMINI OF THE BETA-CHAINS IN HUMAN AND BOVINE HEMOGLOBIN | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gilliland, G.L. / Pechik, I. / Fronticelli, C. / Ji, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystallographic, molecular modeling, and biophysical characterization of the valine beta 67 (E11)-->threonine variant of hemoglobin. 著者: Pechik, I. / Ji, X. / Fidelis, K. / Karavitis, M. / Moult, J. / Brinigar, W.S. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hhd.cif.gz | 134.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hhd.ent.gz | 105.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hhd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/2hhd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD血液 / 器官: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P01922, UniProt: P69905*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD血液 / 器官: BLOOD血液 / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 由来についての詳細 | PURIFIED FROM OUTDATED BLOOD OBTAINED FROM THE BLOOD BANK OF THE UNIVERSITY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: batch method / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J.Crystal Growth, 2, 54. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 27357 / % possible obs: 93 % |
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反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.137 / Rfactor Rwork: 0.137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |