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万見
- PDB-1hdb: ANALYSIS OF THE CRYSTAL STRUCTURE, MOLECULAR MODELING AND INFRARE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdb
タイトルANALYSIS OF THE CRYSTAL STRUCTURE, MOLECULAR MODELING AND INFRARED SPECTROSCOPY OF THE DISTAL BETA-HEME POCKET VALINE67(E11)-THREONINE MUTATION OF HEMOGLOBIN
要素(HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HUMAN HEMOGLOBIN / DEOXY-BETA-V67T
機能・相同性
機能・相同性情報


: / haptoglobin binding / organic acid binding / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex ...: / haptoglobin binding / organic acid binding / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pechik, I. / Ji, X. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystallographic, molecular modeling, and biophysical characterization of the valine beta 67 (E11)-->threonine variant of hemoglobin.
著者: Pechik, I. / Ji, X. / Fidelis, K. / Karavitis, M. / Moult, J. / Brinigar, W.S. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Oxygen Affinity Modulation by the N-Termini of the Beta-Chains in Human and Bovine Hemoglobin
著者: Fronticelli, C. / Pechik, I. / Brinigar, W.S. / Gryczynski, Z. / Gilliland, G.L.
履歴
登録1995年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T
B: HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T
C: HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T
D: HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,74310
ポリマ－62,0854
非ポリマー2,6586
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11670 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.540, 83.190, 54.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T / HBV67T


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN B, D, V67T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA-BETA-ALPHA-BETA TETRAMER / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-GLOBIN CDNA FUSED TO A / プラスミド: PJK05 (FRONTICELLI ET AL. 1 / 遺伝子 (発現宿主): BETA-GLOBIN CDNA FUSED TO A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR120 / 参照: UniProt: P01922, UniProt: P69905*PLUS
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) BETA-V67T / HBV67T


分子量: 15892.171 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN B, D, V67T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA-BETA-ALPHA-BETA TETRAMER / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BETA-GLOBIN CDNA FUSED TO A / プラスミド: PJK05 (FRONTICELLI ET AL. 1 / 遺伝子 (発現宿主): BETA-GLOBIN CDNA FUSED TO A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR120 / 参照: UniProt: P02023, UniProt: P68871*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: batch method / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J.Crystal Growth, 2, 54.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID化学式
14 M11(NH4)2SO4
22 M11(NH4)H2PO4
32 M11(NH4)HPO4

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データ収集

検出器日付: 1994年7月4日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 27163 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.75 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
GPRLSA精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.149 21669
原子変位パラメータBiso mean: 21.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 182 434 5000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6761
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.2791.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.0312
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1810.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1860.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.55
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor31.715
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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