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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h94 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure and Mechanism of human Lysine-Specific Demethylase-1 | ||||||
要素 | Lysine-specific histone demethylase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Histone Demethylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine metabolic process / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / protein demethylation / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / muscle cell development / histone H3K4 demethylase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation ...guanine metabolic process / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / protein demethylation / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / muscle cell development / histone H3K4 demethylase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / neuron maturation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / response to fungicide / cellular response to cAMP / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / promoter-specific chromatin binding / HDACs deacetylate histones / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / cerebral cortex development / cellular response to UV / regulation of protein localization / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Stavropoulos, P. / Blobel, G. / Hoelz, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure and mechanism of human lysine-specific demethylase-1. 著者: Stavropoulos, P. / Blobel, G. / Hoelz, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h94.cif.gz | 143.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h94.ent.gz | 110.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/2h94 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73916.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AOF2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9 % PEG 3350 200 mM Diammonium tartrate 100 mM HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0080, 1.2552, 1.2557 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 47497 / Num. obs: 42195 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 32.839 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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