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- PDB-2h0n: Structure of the fully modified left-handed cyclohexene nucleic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h0n
タイトルStructure of the fully modified left-handed cyclohexene nucleic acid sequence GTGTACAC
要素5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / CYCLOHEXENE NUCLEIC ACID / DNA ANALOGUE / LEFT-HANDED (利き手) / DOUBLE HELIX
機能・相同性DIHYDROGENPHOSPHATE ION / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Robeyns, K. / Van Meervelt, L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Structure of the fully modified left-handed cyclohexene nucleic acid sequence GTGTACAC.
著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all ..._reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all / _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
B: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2084
ポリマ－5,0142
非ポリマー1942
水1,11762
1
A: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2084
ポリマ－5,0142
非ポリマー1942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
2
B: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
ヘテロ分子

B: 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2084
ポリマ－5,0142
非ポリマー1942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)41.455, 41.455, 65.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-10-

HOH

21A-11-

HOH

31B-10-

HOH

41B-11-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 5'-(*(XGL)P*(XTL)P*(XGL)P*(XTL)P*(XAL)P*(XCL)P*(XAL)P*(XCL)-Phosphate)-3'


分子量: 2506.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン / Dihydrogen phosphate


分子量: 96.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED CACODYLATE BUFFER, LICL, SRCL2, MGCL2, SPERMINE TETRACHLORIDE, AND MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CACODYLATEカコジル酸11
2LICL11
3SRCL211
4MGCL211
5SPERMINEスペルミン11
6TETRACHLORIDE11
7MPD11
8H2O11
9CACODYLATEカコジル酸12
10LICL12
11SRCL212
12MGCL212
13MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8126 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月18日
放射モノクロメーター: triangular horizontal-focusing Si III monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→20 Å / Num. all: 3416 / Num. obs: 3396 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 11.5667 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / Num. unique all: 333

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
MAR345345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1.60A P 32 1 2 STRUCTURE OF H(GTGTACAC) (NDB CODE HD0001) WAS USED AS MODEL

解像度: 1.53→20 Å / Num. parameters: 1620 / Num. restraintsaints: 1514 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0
StereochEM target val spec case: ALL OTHER CHEMICALLY EQUIVALENT BOND DISTANCES AND ANGLES WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR BY SAME DISTANCE RESTRAINTS
立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: CHAIN A AND B ARE REFINED AS BEING STATICALLY DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rwork0.1581 --
all0.2004 3396 -
obs0.2004 3396 98.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.21 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 80 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 201.67
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 336 8 62 406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.001
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.58 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.412 --
obs-333 99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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