PDB-2gx1: Solution structure and alanine scan of a spider toxin that affect...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gx1

タイトル

Solution structure and alanine scan of a spider toxin that affects the activation of mammalian sodium channels

要素

Neurotoxin magi-5

キーワード

TOXIN (毒素) /

Spider toxin

機能・相同性

Magi 5 toxic peptide / Magi 5 toxic peptide family /

sodium channel inhibitor activity /

: /

toxin activity / extracellular region / Beta-hexatoxin-Mg1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Sabo, J.K. / Corzo, G. / Bosmans, F. / Billen, B. / Villegas, E. / Tytgat, J. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure and Alanine Scan of a Spider Toxin That Affects the Activation of Mammalian Voltage-gated Sodium Channels
著者: Corzo, G. / Sabo, J.K. / Bosmans, F. / Billen, B. / Villegas, E. / Tytgat, J. / Norton, R.S.

履歴

登録	2006年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gx1.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gx1.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kcp-d 2lix-d 1omg-d 2mm6-d 1j5l-d 2iwj-d 1w7z-2 2n2s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Neurotoxin magi-5

3.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotoxin magi-5 分子量: 3299.076 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-29 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesised. The sequence of the peptide is from the hexathelid spider, Macrothele gigas. 参照: UniProt: P83561

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

-
試料調製

詳細	内容: 2.2mM Magi 5, 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 4.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Biospin	解析
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	解析
XEASY	1.3.13	Bartels	データ解析
CYANA	1.0.6	Hermann	構造決定
XPLOR-NIH	2.9.3	Schwieters	精密化

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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