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- PDB-2go7: CRYSTAL STRUCTURE OF A HYDROLASE FROM HALOACID DEHALOGENASE-LIKE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2go7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HYDROLASE FROM HALOACID DEHALOGENASE-LIKE FAMILY (SP_2064) FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE TIGR4 AT 2.10 A RESOLUTION
要素hydrolase, haloacid dehalogenase-like family加水分解酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family / Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_346487.1) from Streptococcus pneumoniae TIGR4 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
B: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
C: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
D: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,24222
ポリマ－94,6484
非ポリマー59418
水8,863492
1
A: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8647
ポリマ－23,6621
非ポリマー2026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7574
ポリマ－23,6621
非ポリマー953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8286
ポリマ－23,6621
非ポリマー1665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7935
ポリマ－23,6621
非ポリマー1314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
A: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
B: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,62111
ポリマ－47,3242
非ポリマー2979
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
6
C: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
D: hydrolase, haloacid dehalogenase-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,62111
ポリマ－47,3242
非ポリマー2979
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.000, 155.000, 88.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: THR / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 204 / Label seq-ID: 5 - 205

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE

-
要素

#1: タンパク質
hydrolase, haloacid dehalogenase-like family / 加水分解酵素


分子量: 23662.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: np_346487.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97NG6, UniProt: A0A0H2URV7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.5
詳細: 0.2M MgCl2, 40.0% PEG-400, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979224, 0.918370, 0.978940
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9792241
20.918371
30.978941
反射解像度: 2.1→29.48 Å / Num. obs: 70459 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 35.139 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 6.83
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.1-2.170.5211.55205341065496.2
2.17-2.260.3692.3247651278988.2
2.26-2.360.312.7235341213589.6
2.36-2.490.2433.4259621335092.1
2.49-2.640.2034244311262893.6
2.64-2.850.1445.4264491359994.7
2.85-3.130.0898.1256421326097
3.13-3.590.05511.7268771390798.4
3.590.05313.4262011369999.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.502 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.145
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3) THERE IS UNKNOWN DENSITY NEAR TYR18 IN CHAINS B AND C, WHICH IS ABSENT FROM CHAINS A AND D. THIS WAS LEFT UNMODELED. SINCE THE UNKNOWN DENSITY IS LOCATED NEAR THE ACTIVE SITE OF THE PROTEIN, THIS COULD BE POSSIBLE TO BE A SUBSTRATE MOLECULE, SUCH AS HALOACID. (4) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3555 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 70427 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6478 0 18 492 6988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.9469022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.958310648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98425.029344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.564151113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8351534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.24547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.23286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.90534245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.68531654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66556545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.55982833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.427112472
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2568 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.480.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.510.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.550.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.410.5
1AMEDIUM THERMAL1.142
2BMEDIUM THERMAL1.252
3CMEDIUM THERMAL1.192
4DMEDIUM THERMAL0.992
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 257 -
Rwork0.221 4820 -
obs-5077 97.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85790.4976-0.3661.6614-0.09140.94280.0220.14560.3638-0.06980.02380.1207-0.1341-0.1147-0.0458-0.0582-0.0107-0.0042-0.13020.0452-0.085987.98514.412.147
21.6393-0.4829-0.1282.31910.22230.86810.0356-0.02710.1904-0.049-0.0013-0.4283-0.06480.1655-0.0344-0.065-0.04640.0008-0.10920.012-0.0054113.7161-0.092313.2457
31.683-0.4913-0.43271.7556-0.03871.1877-0.0188-0.0144-0.2-0.01720.0573-0.04390.06330.0048-0.0384-0.09360.01-0.0375-0.13150.0354-0.064106.5618-27.122616.8918
42.2681-0.7943-0.46111.07940.31010.8885-0.196-0.3144-0.11330.2670.09350.07830.0879-0.01970.1025-0.00980.00060.0152-0.07940.033-0.130587.8593-17.068530.9728
52.1266-0.0997-0.03221.40220.09511.6523-0.04540.3065-0.5371-0.0986-0.06610.05330.2839-0.01350.1115-0.036-0.05630.0214-0.0167-0.09510.023973.0233-30.86188.4993
64.26281.2178-0.49811.066-0.0581.27740.07-0.08550.01270.0906-0.04360.12-0.0694-0.177-0.0264-0.0974-0.0274-0.0086-0.09380.006-0.083963.1533-11.045921.244
71.99760.3673-0.74581.29140.05243.0466-0.01260.3985-0.0339-0.10830.0350.31030.0694-0.491-0.0224-0.0756-0.0192-0.0440.1182-0.00950.015537.9251-22.317415.3858
83.3327-1.3856-0.40092.27650.6664.0154-0.08710.2326-0.1974-0.20770.19540.04460.0984-0.4025-0.10830.0495-0.1243-0.0610.2415-0.0787-0.03749.4935-28.1759-6.8765
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA3 - 164 - 17
21AA84 - 20685 - 207
32AA17 - 8318 - 84
43BB3 - 164 - 17
53BB84 - 20485 - 205
64BB17 - 8318 - 84
75CC0 - 161 - 17
85CC84 - 20485 - 205
96CC17 - 8318 - 84
107DD3 - 164 - 17
117DD84 - 20585 - 206
128DD17 - 8318 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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