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万見
- PDB-2g8x: Escherichia coli Y209W apoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g8x
タイトルEscherichia coli Y209W apoprotein
要素thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / beta sheet (Βシート) / alpha/beta protein / DTT
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / メチル化 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
炭酸塩 / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / リン酸塩 / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Lee, T.T. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The role of protein dynamics in thymidylate synthase catalysis: Variants of conserved dUMP-binding Tyr-261
著者: Newby, Z. / Lee, T.T. / Morse, R.J. / Liu, L. / Liu, Y. / Venkatraman, P. / Santi, D.V. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2006年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thymidylate synthase
B: thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8449
ポリマ－61,1652
非ポリマー6787
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.610, 79.690, 92.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Chains A and B constitute the biological homodimer

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要素

#1: タンパク質 thymidylate synthase / / TS / TSase


分子量: 30582.697 Da / 分子数: 2 / 変異: Y209W, N-terminus is carbamylated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ThyA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): chi2913recA / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン / 炭酸塩


分子量: 60.009 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7.8mg/ml protein, 25mM KPO4, pH 7.5, and 5mM DTT equilibrated against a well buffer containing 28% PEG 4K, 100 mM Tris-Cl, pH 8.9, 200mM sodium acetate and 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30.7 Å / Num. all: 41273 / Num. obs: 41273 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2073 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1TJS

1tjs


解像度: 1.83→30.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2091436.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: His-51 and Cys-146 in chain A are in two conformations in the crystal
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2076 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.166 41153 --
obs0.166 41153 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.5412 Å2 / ksol: 0.425534 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å28.6 Å2
2---5.39 Å20 Å2
3---4.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 38 348 4662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.342.5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 256 5.1 %
Rwork0.225 4773 -
obs-5029 99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3param.po4carbonate.topo
X-RAY DIFFRACTION4carbonate.paramtopo.formic
X-RAY DIFFRACTION5dtt_odt_gcl.paramdtt_odt_gcl.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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