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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g7b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the R132K:R111L:L121E mutant of Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II In Complex With All-Trans-Retinal At 1.18 Angstroms Resolution | ||||||
要素 | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CRABPII / Retinoic Acid (レチノイン酸) / Retinoids (レチノイド) / Beta Barrel (Βバレル) / High Resolution (解像度) / Schiff Base (シッフ塩基) / Protonated Schiff Base / Retinal (レチナール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Rigid Body Refinement / 解像度: 1.18 Å | ||||||
データ登録者 | Vaezeslami, S. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Protein design: reengineering cellular retinoic acid binding protein II into a rhodopsin protein mimic. 著者: Vasileiou, C. / Vaezeslami, S. / Crist, R.M. / Rabago-Smith, M. / Geiger, J.H. / Borhan, B. #1: ジャーナル: Thesis タイトル: determining crystal structures of proteins and protein complexes by X-ray crystallography: X-ray crystallographic studies of the mutants of cellular retinoic acid binding protein type ...タイトル: determining crystal structures of proteins and protein complexes by X-ray crystallography: X-ray crystallographic studies of the mutants of cellular retinoic acid binding protein type II toward designing a mimic of rhodopsin 著者: Vaezeslami, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | Heterogen All-trans retinal (ligand code RET) formed a Protonated Schiff Base (PSB) with Lys 132 ...Heterogen All-trans retinal (ligand code RET) formed a Protonated Schiff Base (PSB) with Lys 132 and converted into all-trans axeropthene (ligand code AZE) |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g7b.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g7b.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15525.708 Da / 分子数: 1 / 変異: R132K, R111L, L121E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AZE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 18% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M sodium acetate pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月19日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 1.18→40 Å / Num. all: 54241 / Num. obs: 52457 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.567 / Net I/σ(I): 25.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.22 Å / % possible obs: 74.6 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Num. unique obs: 4008 / Χ2: 0.395 / % possible all: 74.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Rigid Body Refinement / 解像度: 1.18→22.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.899 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→22.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.18→1.208 Å / Total num. of bins used: 20
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