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万見
- PDB-2g2b: NMR structure of the human allograft inflammatory factor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g2b
タイトルNMR structure of the human allograft inflammatory factor 1
要素Allograft inflammatory factor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / AIF-1 / Allograft Inflammatory Factor 1 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytic cup ...negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / parallel actin filament bundle assembly / positive regulation of fibroblast growth factor production / actin crosslink formation / ruffle assembly / positive regulation of chemotaxis / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of monocyte chemotaxis / phagocytic cup / phagocytosis, engulfment / Rac protein signal transduction / glial cell projection / actin filament bundle assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T cell migration / positive regulation of chemokine production / ruffle / positive regulation of T cell proliferation / actin filament polymerization / マイクロフィラメント / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / ruffle membrane / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / actin filament binding / lamellipodium / cellular response to oxidative stress / 遺伝子発現の調節 / positive regulation of cell migration / 炎症 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Allograft inflammatory factor 1 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Allograft inflammatory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics,simulated annealing,distance geometry
データ登録者Song, J. / Tyler, R.C. / Newman, C.L. / Vinarov, D. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: NMR structure of the human allograft inflammatory factor 1
著者: Song, J. / Tyler, R.C. / Newman, C.L. / Vinarov, D. / Markley, J.L.
履歴
登録2006年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allograft inflammatory factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9951
ポリマ－16,9951
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Allograft inflammatory factor 1 / / AIF-1 / Ionized calcium-binding adapter molecule 1 / G1 protein


分子量: 16994.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: WHEAT GERM CELL-FREE, IN VITRO EXPRESSION / 遺伝子: AIF1, G1, IBA1 / プラスミド: pEU-HIS / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: P55008

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H,15N-HSQC
1211H,13C-HSQC
131HN(CA)CB
1411H,13C-HSQC
151CBCA(CO)NH
161C(CO)NH
171HCCHTOCSY
181HBACONH
19113C-EDITED 1H,1H-NOESY
110115N-EDITED 1H,1H-NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM MOPS,100mM NaCl, 5 mM DTT, 0.7 mM 13C,15N-LABELED AIF1_HUMAN
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR1.1Varian Inc.collection
XWIN3.5Brukercollection
NMRPipe97.027.12.56Delagio,F. et al.解析
Sparky3.72Goddard TD and Kneller, DG.データ解析
CYANA2.1Guntert, P.structural calculation
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJANDRA, CLORE精密化
精密化手法: torsion angle dynamics,simulated annealing,distance geometry
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2152 NOE RESTRAINTS (797 INTRA, 462 SEQUENTIAL, 431 MEDIUM, AND 381 LONG RANGE INTERMOLECULR), 81 HBOND RESTRAINTS, AND 162 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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